Jefferson City se trouve sur la rive droite duMissouri un peu en amont de la confluence avec larivière Osage et à la limite nord desMonts Ozarks, dans une région connue sous le nom de Mid-Missouri. Il se trouve également à la limite occidentale de l’une des principales régions viticoles duMidwest. La ville est dominée par leCapitole qui s'élève depuis une falaise surplombant la rivière Missouri.
La ville tire son nom deThomas Jefferson, troisième président des États-Unis d'Amérique de 1801 à 1809.
À l'époque précolombienne la région fut habitée par lesMound Builders, disparus avant l'arrivée des premiers colons européens. Puis les habitants furent les Amérindiens de la tribu desOsages.
En1812, lorsque leTerritoire du Missouri fut constitué,Saint-Louis fut choisie comme siège du gouvernement etSaint Charles comme capitale. Ce n'est qu'en 1821 que Jefferson City, alors un simple comptoir commercial à mi-chemin entre Saint-Louis et Kansas City, devint la capitale de l'État. Le nom originellement pressenti pour la nouvelle capitale était Missouriopolis[1].
Durant laguerre de Sécession, la ville fut occupée par lestroupes unionistes du généralNathaniel Lyon. Une partie des élus de l'Assemblée législative de l'État se replia surNeosho et déclarèrent leur fidélité à laConfédération. Les Missouriens étaient fortement divisés et de nombreux habitants de l'État, notamment àSaint-Louis, soutenaient l'Union, tandis que d'autres régions le long de la rivière Missouri entre Jefferson City etKansas City étaient fortement pro-confédérées.
Selon l’American Community Survey, pour la période 2011-2015, 94,74 % de la population âgée de plus de 5 ans déclare parler l'anglais à la maison, 1,65 % déclare parler l'espagnol, 0,80 % unelangue africaine et 2,81 % une autre langue[6].