Pendant son règne, il aide l'exarqueThéophylacte envoyé enItalie par l'empereur byzantinJustinien II et l'empêche d'utiliser la violence contre les Romains. Les interventions de Jean évitent à Théophylacte d'être blessé, pour être venu à Rome afin de« causer des ennuis au pontife »[3].
Par ailleurs, il réussit également à inciterGisulf Ier de Bénévent, leduc lombard de Bénévent à se retirer desterritoires de l'empire byzantin, par des tactiques de persuasion et de corruption. Selon certaines sources, il parvient à« lui seul à convaincre le duc lombard Gisulf de Bénévent de retirer ses forces et de rentrer à la maison » après que le duc a dévasté laCampanie avoisinante et construit un campement à la vue des murs de la ville deRome[4].
En l'an 704,Wilfrid d'York (saint), âgé de70 ans, est expulsé (après plusieurs autres expulsions) de sonsiège épiscopal. Il se rend à Rome et plaide sa cause devant le pape Jean[5]. Le pontife le soutient et ordonne àBerhtwald, l'archevêque de Cantorbéry de convoquer unsynode afin de blanchir Wilfrid[6],[5].
