Jean-Marc Ligny publie sa première nouvelle en 1978 dans l'anthologieFuturs au présent dePhilippe Curval.Temps blancs, son premier roman, paraît l'année suivante. Il s'agit d'une œuvre étrange, plutôt expérimentale, qui use d'une narration éclatée au service d'une ambiance plus que d'une intrigue.
Depuis, il a écrit près d'une quarantaine de romans, dont une dizaine pour la jeunesse.
Une de ses œuvres les plus surprenantes estYurlunggur, qui intègre des concepts de la mythologie australienne, dontYurlungur et letemps du rêve, pour former un roman fantastico-ethnique. Citons aussiLa mort peut danser, hommage au groupeDead Can Dance.
Jihad, qui décrit une France du futur proche aux mains d'un pouvoir fasciste, a reçu leprix Rosny aîné 1999, et a été publié en Italie sous le titreGuerra santa (éditions Fanucci).Les Oiseaux de lumière,space opera en collaboration avec Mandy, a obtenu leprix Tour Eiffel 2001.
Son romanAqua™, paru en 2006, décrit la lutte d'un petit pays d'Afrique contre une multinationale pour la possession de la ressource la plus précieuse qui soit : l'eau potable, dans un contexte de réchauffement climatique global. Il a reçu leprix Bob-Morane 2007 du meilleur roman francophone, leprix Rosny aîné 2007, leprix Julia-Verlanger 2007 et leprix Une autre Terre 2007, remis au festivalImaginales d'Epinal pour le meilleur roman traitant d'écologie de l'année. Il a été publié en 2008 en Allemagne (sous le même titre) chez Lübbe, et en 2009 en Chine (sous le même titre également) chez Yunnan Education Publishing.
En 2012 sortExodes, qui reprend le thème du réchauffement climatique en le poussant à son extrême, au point où le climat s'emballe et où la Terre devient une planète hostile à la vie. L'humanité est condamnée à court terme et elle le sait. Nous suivons les itinéraires de six personnages qui, chacun à sa manière, tentent de trouver une issue ou une raison de vivre. Mais il n'y a plus d'issue, ni de raison de vivre… Roman profondément noir,Exodes a été salué par la critique pour sa force d'évocation[1]. Ce roman a reçu le prix Européens, auxUtopiales 2013.
Les Voleurs de rêves (éditionsFleuve noir, collectionAnticipation)
Les Semeurs de mirages (1989)
L'Art du rêve (1989)
À la recherche de Faërie (1989)
Labyrinthe de la nuit (1989)
Hypnos et psyché (1989)
Traqueurs d'illusions (1990)
Les Guerriers du réel (Le Livre de poche, collection Science-fiction). Cette série est une réédition revue et corrigée des romansSlum City (1996),Le Chasseur lent (1998) etLes Guerriers du réel (1999) parus aux éditions Hachette, collectionVertige SF. Elle comporte un roman inédit.
Dans la gueule du loup (1998), éditions Bayard / Je Bouquine, roman jeunesse
Le Clochard céleste (1998), éditions Nathan, roman jeunesse
Le Chasseur lent (1998), éditions Hachette, collectionVertige SF
Le Chant des IA au fond des réseaux (1999), éditions Baleine, collection Macno
Les Guerriers du réel (1999), éditions Hachette, collectionVertige SF
Les Démons de Mamyvone (1999), éditions Nathan, collectionLune noire (réédité en 2006 sous le titreLa Maison aux démons dans la collection Poche Fantastique)
Le cinquième est dément (2000), éditions Baleine, collectionLe Poulpe
Les Oiseaux de lumière (2001), éditionsJ'ai lu, collectionMillénaires, en collaboration avecMandy (Prix Tour Eiffel 2001)
Sables mouvants (2001), édition Hors Collection, en collaboration avec Jean-Luc Boivent (photographe)
Razzia (2005), édition Rivière Blanche
Aqua™ (2006),L'Atalante, collection La Dentelle du cygne
La Ballade des perdus (2007), éditions Baleine, collection Le Poulpe
Sur la route du Nord (2009), éditions Bayard / Je Bouquine, roman jeunesse
la Ballade de Silla (2001), inEros millenium, anthologie composée par l'auteur, éditionsJ'ai lu
La Guerre de trois secondes (2001), inGalaxies (magazine) 23
L'Œil de Caïn (2002), inPouvoirs critiques, anthologie composée par Jean Milleman, éditionsNestiveqnen
L'Ouragan (2002), inUtopiae 2002, anthologie composée par Bruno Della Chiesa, éditionsL'Atalante (publiée en Allemagne dans l'anthologie composée parAndreas Eschbach,Eine Trillion Euro)
Roman descience-fiction paru en2012. Publié aux Éditions Syros (collection Soon), il s'adresse à un public de lecteurs adolescents[2]. Il évoque le choc de deux civilisations. Lors d'une période nomméeles âges sombres, la Planète Terre a connu de terribles destructions (désastres écologiques, épidémies, guerres, dérèglement climatique, etc.). Plusieurs siècles plus tard, une population renaît, à un stade de développement primitif. Elle célèbre le culte de Mère-Nature, et se refuse à tout progrès technologique. Pendant ce temps, des humains se sont implantés sur la Planète Mars, y développant une civilisation hautement technologique, mais aussi extrêmement codifiée. De leurs observatoires, ils surveillent la manière dont évolue la vie sur Terre. Jasmin et Violette, deux jeunes terriens, rencontrent un jour un astronaute perdu, Kruger. Celui-ci sauve la vie de Jasmin attaqué par un tigre, mais tous trois sont bannis du village, et doivent s’enfuir. Après un long périple, ils atteignent le « pays de la Malemort », une région irradiée où le module spatial de Kruger a atterri. Ils doivent faire face aux « créatures des ruines », des humains dégénérés devenus dangereux, et Kruger est tué. Il a toutefois réussi à lancer un message d'alerte depuis son vaisseau, et de mystérieux sauveteurs arrivent juste à temps pour sauver Jasmin et Violette. Ceux-ci vont découvrir avec stupéfaction qu'ils s'agit de « Martiens », mais un choix se présente pour eux ; partir sur Mars ou revenir dans leur village terrien. Les chemins de Jasmin et Violette vont alors se séparer.
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