Il se rendit alors clandestinement àBruxelles près d'Antoine Arnauld et dePasquier Quesnel. En1690, revenu à la vie publique, il prend ses distances avec les jansénistes les plus extrêmes. À partir de1712, il écrit sur la question de la conversion des juifs au christianisme, qui serait le signe prophétique de la rédemption prochaine de l'Église qu'il estimait alors corrompue. C'est un thème que l'on retrouvera chez lesfiguristes desXVIIIe et XIXe siècles.
Retiré enSavoie, il y écrivit uneInstitution d'un prince, traité politique à l'intention du duc héritier, qui ne fut publié qu'après sa mort, en1739. Hostile auxNouvelles Ecclésiastiques et auxconvulsions, il poursuivit son éloignement des formes les plus extrêmes du jansénisme.
En1764, a été publiéL'Esprit de Duguet ou Précis de la morale chrétienne.
Institution d'un prince, ou traité des qualitez, des vertus et des devoirs d'un souverain, soit par rapport au gouvernement temporel de ses États, ou comme chef d'une société chrétienne, qui est nécessairement liée avec la religion,1739. Mis à l’Index en1742[2]. Disponibleen ligne.
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Paul Chételat,Étude sur Du Guet suivie d'une correspondance inédite avec la duchesse d'Épernon, d'après le document manuscrit conservé aux archives de Troyes, éd. Thorin, Paris, 1879. (Thèse de lettre)
- - -,Étude sur Du Guet suivie d'une correspondance inédite avec la duchesse d'Épernon, retirée aux Grandes carmélites, éd. Thorin, Paris, 1877, 177 p.
Goujet,Vie de Duguet, 1741. Cette biographie est reprise au début de J.-J. Duguet,Institution d'un Prince, (nouv. éd.) Nourse, Londres, 1843.
B. Neveu, art. « Duguet » dans leDictionnaire de biographie française, Letouzey & Ané, Paris, tome 11, col. 1526-1528, 1967.