À la naissance du prince, des rumeurs ont immédiatement commencé à se répandre selon lesquelles il était un nouveau-né imposteur, introduit clandestinement dans la chambre de naissance royale dans unebassinoire et que l'enfant réel de Jacques II étaitmort-né[1]. Pour contrer ce mythe, Jacques a publié les témoignages de plus de soixante-dix témoins de la naissance[2].
Celui-ci trouve alors refuge, en, àBar-le-Duc, capitale duBarrois, auprès duduc de LorraineLéopold Ier et de ses parents, auchâteau de Lunéville et àCommercy. En 1715, souhaitant profiter du mécontentement que suscite, après la mort de lareine Anne, dernière reineStuart et autre demi-sœur de Jacques François, l'avènement deGeorge Ier de Hanovre sur les trônes britannique et irlandais, lesjacobites tentent un nouveau soulèvement avec le soutien deHenry Bolingbroke. Cette tentative, connue sous le nom deThe Fifteen dans l'histoire britannique, est financée par l'Espagne et bénéficie du soutien français à défaut d'une aide officielle, mais lorsque Jacques François Stuart débarque en Écosse au nord d'Aberdeen le, il découvre que l'armée levée parle comte de Mar, John Erskine, s'est en grande partie dispersée à la suite de labataille de Sheriffmuir le. Malade, peu sûr de lui, Jacques François Stuart fuit à nouveau devant l'arrivée d'une armée britannique commandée par leduc d'Argyll alors qu'il préparait son couronnement comme roi d'Écosse. Il rembarque pour la France le.
Après cet échec, le « Vieux Prétendant » — ainsi qu'il est souvent désigné par l'historiographiewhig, pour le distinguer du « Jeune Prétendant », son filsCharles Édouard Stuart — ne peut retrouver son refuge lorrain car une pression diplomatique s'exerce sur le ducLéopold. Jacques-Édouard se rend alors enAvignon où il est reçu avec tous les honneurs par le vice-légat pontifical. De nombreux jacobites le rejoignent, formant une communauté de l'ordre de400 personnes, de différentes confessions. Beaucoup sont des rescapés de l'expédition en Écosse du « Fifteen ». Leduc d'Ormonde, ancien conseiller « tory » de la reine Anne, joue un rôle central parmi ces émigrés fidèles aux Stuart. Sous la Régence, Jacques François est contraint de quitter Avignon et se rend enItalie via lesAlpes. Avant de s'installer définitivement àRome, il séjourne quelque temps àUrbino. Jacques François Stuart trouve refuge à Rome en 1717, où le pape le loge aupalais Muti et lui offre une garde personnelle et une pension jusqu'à sa mort.
En1719, une nouvelle tentative pour le restaurer, soutenue par l'Espagne, échoue : la flotte qui devait l'emmener est dispersée et détruite par une tempête au large ducap Finisterre tandis qu'en Écosse, une armée jacobite est écrasée durant labataille de Glen Shiel, le. Cet épisode, baptiséThe Nineteen, est la dernière tentative de Jacques François Stuart de devenir roi. Son fils aînéCharles Édouard Stuart sera à la tête de la toute dernière tentative en 1745-1746, en tant que représentant de son père, sans plus de succès du fait d'un soutien insuffisant des puissances continentales.
Tant Jacques que son fils Charles Édouard ont été membres de lafranc-maçonnerie[3].Cette thèse est cependant contestée, en particulier pour Charles Édouard.[réf. souhaitée]