Il passe avec succès sonMittlere Reife en 1965 et entreprend alors une formation au sein de l'administration de la ville d'Eichstätt, une petite ville dans le centre duLand de Bavière. Il la termine en 1967 et s'inscrit aussitôt à l'École de gestion administrative.
Rejoignant laJunge Union (JU) en 1969, il achève son cursus l'année suivante. Il intègre alors la préfecture d'Ingolstadt. Il adhère à la CSU en 1971 et devient en 1974 directeur du bureau de la planification de la région d'aménagement d'Ingolstadt.
En 1979, il s'inscrit à l'Académie d'administration et d'économie. Il en ressort avec le grade de directeur de gestion.
Il connaît un nouveau recul au cours desélections fédérales du 2 décembre 1990, puisqu'il obtient 98 879 suffrages, soit 62,6 % des voix exprimées[4]. Il est maintenu dans l'exécutif.
Dès l'année suivante, il fait voter par leBundestag une loi fédérale sur la structure du système de santé, qui contraint les services sanitaires à une sévèrerigueur budgétaire. En 1994, critiqué à cause du manque d'informations concernant des produits sanguins contaminés par levirus de l'immunodéficience humaine (VIH), il décide de dissoudre l'Office fédéral de la Santé (BGA).
Il enchaîne un cinquième mandat parlementaire avec lesélections fédérales du 16 octobre 1994. Il remporte en effet 105 374 voix, soit 62,7 % des exprimés[6]. Le suivant, il est renommé au gouvernement. Il fait approuver deux ans plus tard une loi fédérale réduisant lescotisations sociales.
Si lescrutin du 27 septembre 1998 ne l'empêche pas de retrouver son fauteuil auBundestag, il accuse un net recul avec un résultat de 97 744 voix, soit 55 % des suffrages en sa faveur[7]. Il est contraint de quitter l'exécutif le, du fait de la victoire du centre-gauche.
Au sein dugroupe parlementaire fédéral de la CDU/CSU, il est vice-président, chargé des Affaires européennes, de l'Agriculture et de l'Environnement. En 2000, il prend la présidence de l'Union des employés de la CSU (CSA).
Lesélections régionales de 2008 en Bavière tournent à la catastrophe pour la CSU. Touché par des scandales remontant à l'époque Stoiber et par la percée desÉlecteurs libres (FW), le parti au pouvoir tombe à 43,4 % des voix, un score sans pareil depuis le scrutin de 1954. Pour la première fois depuis 1962, les chrétiens-sociaux n'ont pas de majorité absolue. Beckstein et Huber en tirent les conséquences et renoncent à leurs responsabilités.
Il décide alors de se présenter pour la direction du parti, et du gouvernement, et se voit préféré àJoachim Herrmann, ministre de l'Intérieur, etThomas Goppel, ministre de la Recherche. Élu président de la CSU avec 90,3 % des voix le, Horst Seehofer est investiministre-président de Bavière par leLandtag le, par 104 voix sur 187. Il démissionne aussitôt du gouvernement fédéral mais doit attendre le pour quitter leBundestag.
Il prend donc la tête d'ungouvernement de coalition avec leParti libéral-démocrate (FDP), qui n'avait plus siégé dans un gouvernement bavarois depuis 1962. Le libéralMartin Zeil, ministre de l'Économie, devient vice-ministre-président ; si Herrmann reste ministre de l'Intérieur, Goppel quitte pour sa part l'exécutif.
Alors que le débat sur l'intégration desmusulmans bat son plein enAllemagne, il déclare, en, dans une interview aumagazineFocus que le pays n’a « plus besoin d’immigration en provenance d’autre zones culturelles ». Il précise par la suite que ce sont les immigrés provenant de Turquie et des pays arabes qui sont visés par ses propos. Il a alors été accusé par leSPD et lesVerts de « flatter bassement le populisme d'extrême-droite »[13].
Il est investi pour un second mandat le, par 100 voix sur 176 et forme alors sonsecond gouvernement, dans lequel il nommeIlse Aigner, qui lui avait succédé cinq ans plus tôt au gouvernement fédéral, vice-ministre-présidente, ministre de l'Économie, des Médias, de l'Énergie et de la Technologie. Sur les onze ministres de ce nouvel exécutif, cinq sont des femmes, ce qui constitue un record enBavière. Il participe le suivant auBundestag à la cérémonie de signature de l'accord de la nouvelle « grande coalition » fédérale.
Pour Stefan Meister, spécialiste de la Russie et de l’Europe orientale à laDeutsche Gesellschaft für Auswärtige Politik, les intérêts des grands groupes bavarois commeSiemens ouBMW en Russie font de la CSU un parti attentif aux relations avec laRussie. Reçu parVladimir Poutine en 2016, Horst Seehofer est favorable à la levée des sanctions prises après l'invasion de la Crimée en 2014[15].
Il indique le son intention de démissionner de la direction du gouvernement de Bavière, tout en conservant la présidence de la CSU dans le cadre des négociations pour reconstituer la grande coalition fédérale. Critiqué en interne pour le faible score obtenu par l'Union chrétienne-sociale auxélections législatives fédérales, la percée de l'AfD dans le Land et ne pas avoir su peser sur la politique migratoire de la chancelière, il sera remplacé en par son ministre des FinancesMarkus Söder, perçu comme un« dur » au sujet de l'immigration[17].
En, il est au centre d'une crise gouvernementale portant sur les questions de la crise migratoire où en opposition à Angela Merkel il propose de refouler aux frontières tous les demandeurs d'asile ayant été enregistrés dans un autre pays de l'Union européenne[18],[19]. La position de Horst Seehofer est interprétée comme une tentative pour limiter les dommages causés par l'alliance de son parti avec la CDU alors que celui-ci est soumis à la concurrence du partiAlternative pour l'Allemagne sur les enjeux migratoires[20].
Le, il annonce lors d'une réunion à huis clos de la CSU sa volonté de remettre sa démission de la présidence du parti et du ministère fédéral de l'Intérieur[21]. Il y renonce dès le lendemain, après une rencontre au sommet avec la chancelière. Tous deux se mettent d'accord sur des mesures visant à réduire l'immigration illégale : désormais, les demandeurs d'asile arrivant en Allemagne mais déjà enregistrés dans un autre pays de l'Union européenne sont détenus dans des centres de transit installés aux frontières du pays avant d'être renvoyés dans leurs pays d'enregistrement. Ces retours seront organisés conformément à des accords conclus avec les États concernés. Cet ensemble de décisions doit encore être validé par leParti social-démocrate d'Allemagne (SPD), partenaire de laCDU/CSU[22]. Finalement, il indique le son intention de renoncer à la présidence de la CSU, quelques semaines après qu'Angela Merkel a pris une décision identique pour la CDU. Il souhaite cependant conserver son poste au sein du gouvernement fédéral.
De confessioncatholique, il est marié en secondes noces avec Karin Seehofer, et père de quatre enfants, dont une fille issue d'unerelation adultère. Il réside avec sa famille dans le quartier de Gerolfing, àIngolstadt.
Il a été hospitalisé en à cause d'unemyocardite, potentiellement mortelle, qu'il a attribuée à une surcharge de travail.