Il est conservateur dumusée du Louvre de 1852 à 1863, puis conservateur du musée des Souverains et des objets d’art du Moyen âge et de la Renaissance de 1863 à 1871, conservateur desmusées nationaux de 1871 à 1879, enfin administrateur des musées nationaux etdirecteur du musée du Louvre de 1879 à 1881.
Comme raconté par l'écrivain, spécialiste du roman historique et éditeur d'artNicolas Chaudun, auteur de l'ouvrageLe Brasier : le Louvre incendié par la Commune, lescommunards, lors de laSemaine sanglante, enmai 1871, ont incendié, à grand renfort de seaux de pétrole, lePalais-Royal et lesTuileries, risquant ainsi de détruire leLouvre et sonmusée par l'aile ouest du palais, dupavillon de Marsan aupavillon de Flore, et la Bibliothèque impériale qui faisait face au Palais-Royal.
Le musée fut cependant épargné des flammes grâce à l'opiniâtreté de Henry Barbet de Jouy et au dévouement d'un commandant de chasseurs,Marie-Félicien (dit Martian) de Bernardy de Sigoyer[3], qui demanda à ses hommes de tout faire pour éviter la propagation des flammes vers les autres bâtiments et les précieuses collections du musée[4],[5].
Une plaque lui rend hommage dans l'ancienne entrée dumusée du Louvre[5].
Les Della Robbia, sculpteurs en terre émaillée, étude sur leurs travaux, suivie d'un catalogue de leurs œuvres fait en Italie en 1853, Paris, Jules Renouard etCie, 1855.
Musée impérial du Louvre. Description des sculptures modernes, Paris, imprimerie de Vinchon et C. de Mourgues, 1855 ;2e éd. 1856
Les Mosaïques chrétiennes des basiliques et des églises de Rome, Paris, Victor Didron, 1857.
Étude sur les Fontes du Primatice, Paris, Veuve Jules Renouard, 1859-1860.
Musée impérial du Louvre. Les Gemmes et joyaux de la Couronne, Paris, musée du Louvre, chalcographie des musées nationaux, 1865.
Notice des antiquités, objets d'art du Moyen Âge, de la Renaissance et des Temps modernes composant le musée des Souverains, Paris, imprimerie de Mourgues frères, 1866 ;2e éd. 1868.
Notice des gemmes et joyaux, galerie d'Apollon, Paris, imprimerie C. de Mourgues, 1867 ; rééd. 1872, 1876.
Notice des sculptures, Paris, imprimerie C. de Mourgues frères, 1873.
Musée national du Louvre. Don de M. et Mme Lenoir. Collab. Saglio Edmond,Both de Tauzia Léon et Courajod Louis, Paris, imprimerie C. de Mourgues frères, 1874 ;2e éd. 1889.
Institut de France, Académie des beaux-arts. Inauguration de la statue de Jean Cousin à Sens le, Paris, Firmin Didot, 1880.
Institut de France, Académie des beaux-arts. Notice sur M. le comte de Montalivet lue dans la séance du, Paris, Firmin Didot, 1881.
Henri Bouchot,Notice sur M. Joseph-Henri Barbet de Jouy lue dans la séance du, Institut de France, Académie des beaux-arts, Paris, Firmin Didot, 1897.
Comte d’Ussel, « Barbet de Jouy, son journal pendant la Commune ».Revue hebdomadaire, 1898, X, tiré à part, Paris, Plon, Nourrit et Compagnie, 1898.
Michel Prévost, « Barbet de Jouy ». InDictionnaire de biographie française, Paris, 1951,t. V.
Anthony Valabregue, « Barbet de Jouy »,La Grande Encyclopédie, Paris,t. V.
Isabelle Gaétan et Emmanuelle Héran, « Henry Barbet de Jouy (1812-1896), de la bonne gestion des collections ». InGeneviève Bresc-Bautier, Michèle Lafabrie, dir.,Un combat pour la sculpture.Louis Courajod (1841-1896), historien d'art et conservateur. Actes de la Journée d'étude organisée par l'École du Louvre et le département des sculptures du musée du Louvre à l'occasion du centenaire de la mort de Louis Courajod (1841-1896), musée du Louvre,. Paris, École du Louvre, 2003,p. 34-58.
Chevalier de la Légion d'honneur en 1861[6]
Commandeur de l'Ordre du Sauveur de Grèce en 1864
Officier de la Légion d'honneur en 1872
