Heiligenstadt est d'autre part situé au centre géographique de l'Allemagne. Elle est composée de la ville elle-même et de quatre villages (Orsteile) (nombre d'habitants) :
Heiligenstadt, dès l'époquefranque, est le siège d'une seigneurie importante. Située dans la vallée de laLeine, elle a été une des plus anciennes possessions de l'archevêque Ruprecht de Mayence dans l'Eichsfeld. La première mention écrite de la ville date de973. Elle est aussi dès lors un des lieux de résidence temporaires (Königpfalz) des empereurs romains germaniques, d'abord de973 à990 sous le règne d'Otton II et celui d'Otton III du Saint-Empire, puis, de1153 à1169, pendant le début du règne deFrédéric Barberousse.
En1227, elle obtient deSiegfried II von Eppstein les droits de bourgeoisie et de vile. De cette époque date la construction des trois grandes églises. Elle est alors gouvernée depuis le château de Rustberg, disparu de nos jours et qui était situé entreMarth etRustenfelde un peu plus en aval sur laLeine. La ville est cependant le centre politique des possessions de Mayence dans l'Eichsfeld.
En1540, le gouvernement est transféré de Rusteberg à Heiligenstadt.
En1929, les premiers bains apparaissent et en1950, elle est classée en tant que station thermale. Lors de laNuit de Cristal, la synagogue est profanée. La petite communauté juive disparaîtra pendant la périodenazie.
Des manifestations pacifiques ont eu lieu à Heiligenstadt en octobre1989. En1991 et1992, les anciennes communes de Flinsbergn Günterode, Kalteneber et Rengelrode sont incorporées au territoire de Heiligenstadt et la ville devient le chef-lieu du nouvel arrondissement d'Eichsfeld en1994.