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Ensembl

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Ensembl
base de données en ligne,base de données biologiques
Partie deGENCODE,ELIXIR EMBL-EBI Node Modifier
PaysRoyaume-Uni Modifier
Site officielhttp://www.ensembl.org/ Modifier
URLhttps://www.ebi.ac.uk/rdf/services/sparql Modifier
Point d'accès SPARQLhttps://www.ebi.ac.uk/rdf/services/sparql Modifier
Maintenance assurée parInstitut européen de bio-informatique,centre Sanger Modifier

Ensembl est un systèmebio-informatique d'annotation automatique degénomes. C'est un projet conjoint de l'European Bioinformatics Institute (EBI) et duWellcome Trust Sanger Institute dont l'idée centrale est d'organiser de vastes champs d'information biologique autour deséquences génomiques.

Annotation automatique

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Pour chaque génome analysé, Ensembl tente d'identifier par un processus automatique l'ensemble desgènes qu'il contient. Il s'appuie pour cela sur des données de séquences existantes (ARN,protéines), qu'il « raccroche » sur le génome, pour en déduire la structure des gènes.

Sur cette première strate d'annotation, celle de la structure des gènes, Ensembl va ajouter d'autres éléments, parmi lesquels :

  • variations communes (polymorphismes) ;
  • éléments régulateurs des gènes ;
  • informations sur lesprotéines codées par les gènes ;
  • annotations externes, à travers leDistributed Annotation System (DAS) ;
  • gènes similaires d'autres organismes ;
  • maladies génétiques et syndromes cliniques.

Les différentes facettes d'Ensembl

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Ensembl se présente d'abord comme un « navigateur de génomes » (« Genome Browser ») permettant d'explorer et de visualiser à différents niveaux les génomes de nombreux organismes.

Ensembl est aussi une base de données ouverte dans laquelle on peut librement venir puiser, soit directement, soit à travers uneinterface de programmation, soit par le système d'interrogation BioMart[1].

Enfin, Ensembl est une infrastructure logicielle ouverte qui permet de construire différents systèmes organisant des données liées aux séquences génomiques.

Culture

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Le projet Ensembl est animé par une culture d'ouverture extensive, ce qui se traduit par :

  • une pluralité de modes d'accès aux données : par lesite Web, par téléchargement, par l'interface de programmation ;
  • par l'intégration de sources de données externes, en particulier par le système DAS ;
  • par l'accès à l'intégralité des programmes sources ;
  • par l'existence d'un HelpDesk et de listes de discussion.

Notes et références

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  1. ↑BioMart

Voir aussi

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Liens externes

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Sites

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Liens externes

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