Les navires de commerce peuvent arborer lepavillon civil alternatif, un drapeau rouge avec le drapeau national ducanton.Emirates Airlines utilise le drapeau desEAU dans sa livrée.
Les sept émirats utilisent le drapeau fédéral de manière interchangeable comme drapeau de l'émirat, à l'exception de l'émirat de Fujaïrah qui n'utilise depuis 1975 que le drapeau fédéral.
Avant la création des EAU en 1971, l'émirat de Fujaïrah avait utilisé - de 1952 à 1961 - un drapeau spécifique, remplacé ensuite par un drapeau entièrement rouge jusqu'en 1975, année où l'émirat a choisi comme drapeau le drapeau fédéral.
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