Doesburg a reçu ses droits de cité en 1237, un an après la ville toute proche deDoetinchem. En raison de son emplacement stratégique à la jointure duVieil Yssel et de l'IJssel, Doesburg a longtemps été une place forte d'importance. Doesburg a été l'une des cinq villes composant le quartier deZutphen. Elle avait aussi le rôle de capitale économique et administrative, siège du Bureau Juridique de Doesburg, au sein du comté de Zutphen. Le principal édifice religieux de la ville, l'église Martini, avec son clocher de 94 mètres de haut, témoigne de sa prospérité passée. Pour de multiples raisons, impliquant l'envasement du Vieil Yssel, la prospérité de cette ville a réellement pris son essor qu'après leXVe siècle[2].
Durant la Guerre de Quatre-Vingts ans, Doesburg a été beaucoup malmenée, comme en l'an 1572, lorsque la ville a été occupée par les Gueux sous le commandement deBernard de Merode etGuillaume IV van den Bergh de la semaine précédant la Pentecôte jusqu'au mois d'Octobre.Le comte van den Bergh avait demandé un premier accès à la ville, puis le magistrat avait envoyé des délégués à la Cour de Gueldre pour savoir comment se comporter à ce sujet, mais avant le retour de son messager, il était à l'intérieur des murs et les Gueux l'avait prise et pillée.
A parir de 1586, Doesburg a conservé une garnison permanente stationnée dans la caserne Maurits (aujourd'hui Mauritsveld). Le, le commandant espagnolAmbrogio Spinola entra dans la ville afin de tromper le général en chef,Maurice de Nassau, devenu plus tard Prince d'Orange, alors qu'il voulait attaquer Deventer, en remontant l'Yssel. Maurice fut trompé par la ruse et ne comprit pas que le mouvement vers Doesburg était un leurre; les troupes espagnoles foncèrent vers Almelo par la région de laZwarte Water, mais furent défaits à labataille du Pont de Berkumer(nl). Sous la direction de Maurice les fortifications de la ville ont été beaucoup améliorées et développées dans les années 1606-1629.
Les Français occupèrent la ville jusqu'à 1674. Après cet épisode, la cité a reçu de nombreuses fortifications auXVIIe siècle conçu parMenno van Coehoorn, mais elle s'est transformée en une ville forteresse provinciale tranquille et elle le restera jusqu'au lendemain de la Seconde Guerre mondiale. Cela a eu certains avantages : le centre historique, avec ses nombreux monuments, est resté bien conservé. La ville a donc été désignée comme une zone de patrimoine protégé en 1974.
Durant la Seconde Guerre mondiale Doesburg a été rapidement occupée par l'armée allemande. Après environ cinq ans d'occupation elle a été libérée, malheureusement, les Allemands ont détruit une partie de l'Eglise Martini, la caserne Maurits, le château d'eau et le moulin.
Parce Doesburg était officiellement une ville fortifiée jusqu'en 1923, l'expansion urbaine n'a pas été possible. Après la Seconde Guerre mondiale, la ville a été rapidement agrandie. La tour de l'église Martini détruite en 1945, a été reconstruite dans les années 1950-1960. Dans les années 1950, sur le côté est de la ville, le quartier Molenveld a été construit. Dans les années soixante, le quartier De Ooi a suivi. Au sud du Vieil Yssel, celui de Beinum est apparu dans les années 1970 et 1980, et plus récemment a été construit le quartier Beinum ouest. Au début duXXIe siècles'est élevé un nouveau quartier résidentiel, l'IJsselkade, comportant 44 maisons individuelles et 124 appartements dans un ensemble élaboré par l'architecte italienAdolfo Natalini. En 2007, on a commencé la construction d'un hôtel avec appartements.