Exégète etbibliste de renommée internationale[2], ses travaux portent notamment sur la question duJésus de l'histoire et la construction de lathéologie paulinienne. Il décrit ainsi son approche : sous-discipline de l’analyse historico-critique, « la critique des sources [reçoit sa légitimité] de l’axiome suivant : pour être correctement compris, un texte doit être situédans l’histoire qui l’a produit »[1].
Daniel Marguerat est l'exégète qui a fait connaître la méthode et les enjeux de l'analyse narrative de la Bible dans le monde francophone[3], notamment grâce à l'ouvragePour lire les récits bibliques. Initiation à l'analyse narrative, publié avec Yvan Bourquin en 1999 et régulièrement réédité depuis[4]. C'est également un spécialiste des origines du christianisme, desécrits néotestamentaires et particulièrement desActes des apôtres, sur lequel il a publié un commentaire.
Daniel Marguerat (dir.),Le Déchirement. Juifs et chrétiens au premier siècle. Ouvrage collectif (Martinus C. de Boer, Georges J. Brooke, H. Cousin, Jean-Daniel Kaestli, Ulrich Luz, Daniel Marguerat, Folker Siegert, Ekkerhard W. Stegemann,Christopher Tuckett, professeurs aux universités de Lausanne, Berne, Bâle, Neuchâtel, Manchester). éd. collection Labor et Fides, 1996(ISBN2-8309-0788-4)
Daniel Marguerat,Enrico Norelli, Jean-Michel Poffet (dir.) et al.,Jésus de Nazareth : Nouvelles approches d'une énigme, Genève,Labor et Fides, coll. « Le monde de la Bible » (n° 38), 2003, 614 p.(ISBN978-2-8309-0857-2)
Jean-Daniel Kaestli, Daniel Marguerat (dir.) et al.,Le Mystère apocryphe : Introduction à une littérature méconnue, Genève, Labor et Fides, coll. « Essais bibliques » (no 26), 2007,2e éd., 188 p.(ISBN978-2-8309-1241-8)
Daniel Marguerat (dir.) et al.,Introduction au Nouveau Testament : Son histoire, son écriture, sa théologie, Genève, Labor et Fides, 2008,4e éd., 540 p.(ISBN978-2-8309-1289-0)
Andreas Dettwiler, Daniel Marguerat (dir.)et al.,La Source des paroles de Jésus (Q) : Aux origines du christianisme, Genève, Labor et Fides, coll. « Le monde de la Bible » (no 60), 2008, 408 p.(ISBN978-2-8309-1341-5)
Daniel Marguerat et Éric Junod,Qui a fondé le christianisme ?, Genève, Labor et Fides, 2010, 120 p.(ISBN978-2-8309-1401-6)
Daniel Marguerat, le théologien amoureux des Écritures : le 16 octobre 2012 à Ecublens (VD) / interlocutrice: Manuela Salvi. Robert Mermoud, musicien : le 23 octobre 1991 à Eclagnens (VD), Association Films plans-fixes, Lausanne [2013] (1 DVD (ca. 100 min) : son, n et b ; 12 cm, en boîte 19 cm), Plans-fixes no 1278 no 1099, permalien[1]
YvanBourquin et EmmanuelleStaffeke,Raconter, interpréter, annoncer : parcours de Nouveau Testament : Mélanges offerts à Daniel Marguerat pour son 60ème anniversaire, Labor et Fides,, 380 p.(ISBN978-2-8309-1102-2,lire en ligne)
↑Focant,Camille, « Daniel Marguerat, Yvan Bourquin, Pour lire les récits bibliques. Initiation à l'analyse narrative. 2009 »,Revue Théologique de Louvain,vol. 41,no 2,(lire en ligne, consulté le).