Cet article concerne la sous-famille infectant les oiseaux et les mammifères (dont les humains). Pour l'ensemble des coronavirus, voirCoronaviridae. Pour le coronavirus responsable de laCovid-19, voirSARS-CoV-2.
Leschauves-souris et lesoiseaux, en tant quevertébrés volantsà sang chaud, seraient leshôtes idéaux pour les coronavirus assurant l'évolution et la dissémination du virus[5]. Ces coronavirus sont normalement spécifiques à un taxon animal comme hôte, mammifères ou oiseaux selon leur espèce ; mais ils peuvent parfois changer d'hôte à la suite d'unemutation. Leur transmission interhumaine se produit principalement par contacts étroits via desaérosols respiratoires générées par les éternuements, la toux ou la phonation. Plus de 500 types de coronavirus ont été isolées chez la chauve-souris et il existerait plus de 5 000 types de coronavirus[6].
Sept principaux coronavirus sont généralement cités comme pouvant contaminer l'humain[7]. Un huitième a été identifié : leB814[8] (le premier coronavirus humain identifié), mais cette souche semble ne plus circuler.
Quatre coronavirus en circulation sont considérés comme sources d'infection bénignes :229E,NL63,OC43 etHKU1. Ils seraient la cause de 15 à 30 % des rhumes courants.
Plus récemment ont été identifiés trois types de coronavirus responsables de gravespneumopathies :
Illustration de la morphologie des coronavirus. Lespéplomères, pointes virales en forme de massue ici colorées en rouge, créent l'apparence d'une couronne entourant levirion, lorsqu'ils sont vus aumicroscope électronique.
C'est en1930 auxÉtats-Unis que la première maladie due à un coronavirus est observée, chez desvolailles. L'année suivante, un médecin décrit dans un article la maladie qui cause une détresse respiratoire chez la poule et une diminution de la ponte et de la qualité des œufs. En1937, l'agent infectieux, levirus de la bronchite infectieuse aviaire (IBV pourInfectious Bronchitis Virus) est isolé.[réf. nécessaire]
En1965, le premier coronavirus infectant l'être humain (la soucheB814) est découvert. Et rapidement, d'autres suivent :229E en1966 etOC43 en1967[11], qui sont la cause derhumes plus ou moins graves selon les personnes. L'année suivante, ils sont observés aumicroscope électronique parJune Almeida etDavid Tyrrell qui mettent en évidence leur structure en couronne[12]. La relation est faite entre tous ces virus, et le terme de « coronavirus » est pour la première fois utilisé dans la revueNature en1968[2],[10].
Avec la découverte en 2018 de coronavirus infectant des amphibiens et classés dans une sous-famille à part (letovirus), les coronavirus infectant desamniotes (comme sesmammifères et desoiseaux) sont classées dans la sous-familleOrthocoronavirinae[1] et qualifiés plus précisément d'orthocoronavirus[13].
Le dernier coronavirus humain (ou récemment humanisé, très probablement à partir d'une ou plusieurs souches portées par des chauves-souris) semble avoir émergé à Wuhan en Chine en 2019 : leSARS-CoV-2. La maladie qu'il cause (Covid-19) a provoqué en quelques mois la première grande pandémie à coronavirus, caractérisée par unR0 élevé (2,3 en moyenne d'après les estimations disponibles en, mais qui semble pouvoir atteindre 5,7) ; avec untaux de létalité de 6,3 (très variable selon les âges et les contextes, pouvant parfois dépasser 15%)[9].
Les groupes de coronavirus ont normalement un hôte animal spécifique (mammifères ou oiseaux[17]) mais ils peuvent parfois changer d'hôte à la suite d'unemutation. Ce sont de telles mutations qui ont probablement conduit à l'apparition de souches causant de graves infections chez l'homme (SRAS,MERS etCovid-19).
On a longtemps pensé que les coronavirus avaient un tropisme uniquement respiratoire ou gastrointestinal (traduit par despneumonies etentérocolites dans les cas graves), mais un nombre croissant d'études montrent un tropisme bien plus large, cardiovasculaire notamment, et neurologique également (dès les années 1980, on a montré que plusieurs coronavirus, dont en dernier cas leSARS-CoV-2 sont clairement aussi neuroinvasifs et neurotropes[18],[19],[20], au point que cette diversité de tropismes et de symptômes font des coronavirus (murins notamment, regroupées sous le sigle de MHV) unmodèle animal pour l'étude de maladies humaines aussi variées que lasclérose en plaques, l’hépatite virale ou la pneumonie (S. R. Weiss et al. 2011). Le MHV pénètre le Système nerveux central (SNC) via lesneurones dunerf olfactif, et peut causer une encéphalite aiguë ou une maladie démyélinisante chronique s'il y persiste (il peut aussi se propager jusqu’à lamoelle épinière)[19],[21].
En 2002, l’apparition du Sars-CoV, un virus responsable d'une maladie infectieuse des poumons, pousse l’Union européenne à lancer plusieurs programmes afin de ne pas être prise au dépourvu en cas de nouvelles émergences. Dès 2004, l’équipe de Bruno Canard, directeur de recherche CNRS à Aix-Marseille, spécialiste des coronavirus, grâce aux réseaux collaboratifs européens, affiche des résultats prometteurs. « Nous avions eu cette idée qui s’est révélée fructueuse : les virus ont une capacité énorme à être différents, variés, avec de larges familles. Nous les avons donc étudiés tous en même temps, afin d’en avoir un modèle type qui nous permettrait, en cas de menace d’un virus inconnu, d’en trouver un proche, d’où nous pourrions extraire des données scientifiques[22]. »
Mais dès 2006, l’intérêt des politiques pour le Sars-CoV disparaît. La crise financière de 2008 accélère le désengagement de l’Europe et de la France pour la recherche, les stratégies de recherche fondamentale perdent leurs financements. Aussi, en 2015, Bruno Canard dénonce le désengagement européen et français dans le secteur des sciences et adresse avec ses collègues belges et hollandais, des lettres d’intention à la Commission européenne expliquant qu’il existe neuf familles de virus pour lesquelles une émergence est possible. « Le premier sur la liste était leflavivirus, explique-t-il. Le second, le coronavirus. Un an plus tard, apparaissait Zika, un flavivirus ». Or, la Commission européenne ne donnera jamais de réponse. Et en 2020 surgit le Sars-CoV-2, un coronavirus[22] engendrant laCovid-19.
Tous les CoV ont un génome d'ARN non-segmentés (simple brin) organisé de la même manière : les deux tiers environ du génome contiennent deux grands « cadres de lecture ouverts » et se chevauchant (ditsORF1a etORF1b). Ces deux cadres sont traduits en « polyprotéines réplicase »pp1a et pp1ab.« Ces polyprotéines sont ensuite traitées pour générer 16 protéines non structurales, désignées nsp1 ~ 16. La partie restante du génome contient desORF pour les protéines structurales, y compris la pointe (S), l'enveloppe (E), la membrane (M) et la nucléoprotéine (N). Un certain nombre de protéines accessoires spécifiques à la lignée sont également codées par différentes lignées de CoV »[3],[27],[28],[29].
Elle se fait en six étapes successives (voir illustration) :
Grâce à leurprotéine S, les coronavirus se lient auxmolécules cellulaires de surface telles que lesmétalloprotéinases. Les virus dotés en plus de la protéine HE (hémagglutinine-estérase) dans leur enveloppe peuvent aussi se lier à l'acide N-acétylneuraminique qui sert decorécepteur (lui-même initiateur de l'entrée d'un pathogène dans une cellule hôte). On ne sait pas clairement si les virus entrent dans lacellule hôte par fusion des membranes virales et cellulaires, ou par uneinternalisation à récepteur. Quel qu’en soit le mécanisme, le brin d'ARN est inséré dans la cellule, et la capside (la coque) est abandonnée ;
Les coronavirus sont munis d'un seulgénomeARN à brin positif, à présent sur place dans lecytoplasme. Le génome de l'ARN du coronavirus a une coiffe méthylée 5' et une queue polyadénylée 3', ce qui permet à l'ARN de se fixer aux ribosomes pour la traduction. Lesribosomes de la cellule décodent l'ARN viral, produisant les protéines qui y sont codées ;
D'abord l'ARN positif du virus est transcrit en protéine pour former uneARN polymérase propre (uneARN polymérase ARN-dépendante). La réplicase est la première protéine fabriquée ; une fois le gène codant la réplicase traduit par le ribosome de la cellule hôte, la traduction est arrêtée par un codon stop. Cette réplicase virale ne reconnaît et produit que l'ARN viral, et permet au génome viral d'être transcrit en nouvelles copies d'ARN, à l'aide de la machinerie de la cellule hôte. Se servant du brin positif comme modèle, cet enzyme assemble le brin négatif ;
Par la suite, ce brin négatif sert lui-même de modèle pour transcrire de petits ARN sous-génomiques, qui sont utilisés pour fabriquer toutes les autres protéines. C'est ce qu'on appelle une transcription imbriquée. Ce processus est une forme d'économie génétique, permettant au virus de coder le plus grand nombre de gènes dans un petit nombre de nucléotides ; le génome du brin négatif est traduit par le ribosome de la cellule hôte, et une longue polyprotéine est formée, où toutes les protéines virales sont attachées. Les coronavirus ont une protéine non structurale — une protéase — qui est capable de cliver la polyprotéine. Par ailleurs, ce brin négatif joue un rôle dans la réplication de nouveaux génomes ARN à brin positif. Le cytoplasme de la cellule hôte se remplit de protéines et d'ARN viraux ;
(a) Laprotéine N aide à lier l'ARN génomique pour réaliser l’encapsidation du génome virale dans une enveloppe protectrice nomméecapside[30] ; la protéine M s'intègre à la membrane duréticulum endoplasmique, côté capside ; et des protéines HE et S traversent la membrane du réticulum endoplasmique, via la protéine de translocation, et se positionnent du côté opposé ; (b) avec la liaison entre la capside et les protéines M, la membrane du réticulum s'invagine, et bourgeonne. La capside (la coque) assemblée dotée d'ARN hélicoïdal se retrouve alors à l'intérieur du réticulum endoplasmique, ayant capturé à son profit la membrane de ce dernier, qui porte à présent à son extérieur les protéines HE et S ;
Cette progéniture virale est ensuite (a) encapsulée et transportée par desvésiculesgolgiennes vers la membrane cellulaire, (b) pour être enfin externalisée (parexocytose) hors de la cellule.
Selon les caractéristiques de leurs séquences protéiques, les CoV sont classés en 4 genres (alpha-CoV, beta-CoV, gamma-CoV et delta-CoV), qui tous contiennent des virus pathogènes pour les mammifères[4] :
Betacoronavirus, dont levirus respiratoire du SRAS (SARS-CoV), leSARS-CoV-2, le coronavirus du syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS-CoV), virus de l'hépatite murine (MHV), coronavirus bovins, virus de la sialodacryoadénite du rat, virus de la sialodacryoadénite porcine, hémagglutinose porcine, virus de l'hémagglutinose porcine coronavirus équin. Dans ce genre Betacoronavirus, leSARS-CoV et leSARS-CoV-2 appartiennent tous les deux au sous-genreSarbecovirus au sein duquel trois clades distincts ont été identifiés : -Clade1: souches "chauve-souris" de Bulgarie et Kenya[36], -Clade2: SARS-CoV-2 et souches "chauve-souris" de Chine orientale[36], -Clade3: SARS-CoV et souches "chauves-souris" de Chine du sud-ouest[36] ;
Gammacoronavirus: surtout trouvé chez des oiseaux migrateurs, causant notamment des bronchites ; un Gammacoronavirus a été isolé d'unbéluga en captivité ;
Deltacoronavirus: connus depuis peu, qui semblent surtout infecter les oiseaux, mais aussi trouvé chez les porcs.
Remarques :
on a parfois nommé un coronavirus selon l'espèce animale où il a d'abord été trouvé (par exemple : coronavirus respiratoire canin, ou CRCoV pourCanine respiratory coronavirus, virus appartenant au genrebetacoronavirus et à son sous-groupe 2a)[37],[38] ;
Les quatre premiers types connus sont sans gravité : les coronavirus humains229E,NL63,OC43 etHKU1, inconnus chez la chauve-souris. Ils causent des rhumes avec fièvre et des maux de gorge dus à des végétations adénoïdes gonflées, principalement en hiver et au début du printemps[41].
Les coronavirus seraient la cause de 15 à 30 % des rhumes courants[42].
Transmission et cycle de vie du SRAS-CoV-2 causant COVID-19.
Trois types de coronavirus qui ne se trouvent pas naturellement chez l'homme mais chez des mammifères ont été découverts plus récemment et ont été à l'origine d'infections graves despoumons (pneumopathie virale) :
leMERS-CoV, celui dusyndrome respiratoire du Moyen-Orient dont la première épidémie a débuté en Arabie saoudite en 2012. Son taux de mortalité a été de 35 %, faisant[Quand ?]449 victimes seulement du fait du faible nombre d'individus atteints.[réf. nécessaire]Elle aurait été déclenchée par la consommation de lait de chameau et par la proximité avec les chameaux. Cette maladie existe toujours car pour pouvoir l'éradiquer, il faudrait que les populations qui utilisent traditionnellement des chameaux puissent s'en passer ;
Selon le virus en cause, les formes graves de la maladie ont leurs particularités. Par exemple, la diarrhée était très fréquente dans leSRAS mais rare dans lamaladie à coronavirus 2019.
Origines des coronavirus humains avec d'éventuels hôtes intermédiaires.
Au vu des séquences génomiques disponibles, deux grands taxons animaux seraient le réservoir principal des CoVs :
chiroptères : hôtes naturels du HCoV-NL63 et du HCoV-229E[64] ;
rongeurs : hôtes naturels du HCoV-OC43 et HKU1[64].
Au vu des connaissances disponibles, les coronavirus semblaient avoir besoin d'hôtes intermédiaires (toujours des mammifères) pour s'« humaniser », c'est-à-dire muter pour pouvoir infecter l'Homme. Des hôtes intermédiaires connus ont été :
La transmission interhumaine des coronavirus se fait principalement par les gouttelettes ou desaérosols respiratoires expectorées par une personne infectée (via la toux, les éternuements, des postillons, ou parfois par le simple fait deparler fort ou en criant) quand les particules virales sont inhalées par une personne se trouve à proximité. La transmission et la contagiosité varient aussi selon le coronavirus, et peut-être selon sa souche au sein d'une épidémie.
Laprophylaxie passe par uneprévention primaire visant à limiter la transmission du virus : éviter les contacts (surfaces potentiellement contaminées, poignées de main, embrassades), se laver les mains fréquemment, éviter de se toucher les yeux, le nez ou la bouche, par où le virus peut s'introduire dans l'organisme. En cas de symptômes de type toux ou rhume, se maintenir à au moins 1 mètre de toute personne et éviter d'émettre des particules contaminées[65].
Dans le cas du SRAS, des médicaments ont été utilisés pour tenter d'enrayer l'épidémie : laribavirine, un analogue de nucléotides, des anti-inflammatoires stéroïdiens et, après identification formelle de l'agent pathogène et des criblages de sensibilité, l'interféron-alpha et desinhibiteurs de protéases. Leur efficacité est encore sujette à caution. Aucun n'a fait l'objet d'une étude clinique adéquate : beaucoup d'études disponibles ne permettent pas de conclusions scientifiques claires car elles ont été réalisées sur de petits nombres de sujets ou alors sans protocole ou dose fixe. Certaines indiquent même que ces traitements pourraient avoir nui à l'éradication du virus[67].
Bruno Canard dénonce en l'emballement et publie une lettre ouverteCoronavirus : la science ne marche pas dans l’urgence ![68].Il déclare : « Un vaccin demande au mieux 18 mois de recherches. Et pour des virus non prévisibles, qui changent, il n’est pas adapté. Mieux vaut faire des médicaments qui ont un large spectre dans une famille virale. Cela peut nécessiter 5 ans, parfois 10. D’où l’importance de l’anticipation scientifique[22]. »
Desvaccins à base de virus inactivé et d'autres fondés sur les protéines S et N sont à l'étude depuis plusieurs années[69] quand l'éradication rapide de l'épidémie de SRAS vient interrompre les essais cliniques. Cependant, les éléments viraux produisant l'immunité ne sont souvent pas assez conservés dans la même famille virale : « s'il y avait eu un vaccin contre le coronavirus de 2003, il est pratiquement certain qu'il n'aurait pas marché de manière satisfaisante contre [la] Covid-19 » (Bruno Canard)[70].
Bien que n'ayant pas abouti à leur certification, la recherche de vaccins contre le SRAS a rendu possible l'obtention rapide devaccins contre la Covid-19. Ainsi, levaccin de Pfizer et BioNTech est conçu en quelques heures dès[71], et autorisé auRoyaume-Uni en décembre. En, 60 vaccins contre le SARS-CoV-2 sont autorisés ou en phase d'étude clinique, et 172 vaccins potentiels sont à l'étude[72].
En 2023, certainsvariants du SARS-CoV-2, et notamment levariant Omicron, échappent en partie aux différents vaccins administrés. Plusieurs équipes dans le monde cherchent à produire des vaccins conférant une immunité plus durable et plus efficace contre les variants existants et à venir, ainsi que contre d'autres coronavirus. Elles utilisent de nouvelles approches[73] : élargissement desciblesprotéiniques et recherche de nouvelles cibles, emploi denanoparticules, etc.
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↑Étude du Johns Hopkins Bloomberg School of Public Health, de Baltimore associée à School of Public Health and Health Sciences du Massachusetts, et à la Ludwig-Maximilians-Universität de Munich.
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Thankyoucaretakers.com/fr, initiative mise en place lors de la pandémie de COVID-19 de 2019/2020 et ayant pour objectif de rassembler 1 million de messages de remerciements pour les soignants du monde.
