Conrad est le fils de l'empereurFrédéric II et de sa seconde épouse la reineIsabelle II de Jérusalem (Yolande), issue en lignée paternelle de lamaison de Brienne et en lignée féminine desrois de Jérusalem. Sa mère est morte lors de sa naissance, probablement de lafièvre puerpérale ; de ce fait, il est destiné à la succession au trône deJérusalem et devient titulaire de ce royaume, où cependant il ne se rend jamais. Les représentants impériaux sur place parlent en son nom, en pratique suivant les ordres de Frédéric II qui se met en route pour lasixième croisade en Terre Sainte et, après négociation avec le sultanAl-Kâmil, se fait couronner roi de Jérusalem le.
Frédéric II retourne enItalie pour lutter contre les citésguelfes deLombardie, alors que le nouveau roi Conrad dut mettre tout le poids de son autorité pour s'imposer en Germanie, soutenu par l'archevêqueSiegfried III de Mayence et le roiVenceslas Ier de Bohême. Le conflit entre son père et le pape affaiblit sa position. Déjà en 1241, Siegfried de Mayence s'insurge contre lui. En 1245, le nouveau papeInnocent IV annonce la déposition de l'empereur auconcile de Lyon et fait d'ailleurs prêcher une croisade contre lui, tandis que Conrad se voit opposer unantiroi proclamé par les princes, lelandgrave de ThuringeHenri le Raspon, qui le vainc à labataille de la Nidda près de Francfort l'année suivante, mais meurt en 1247. L'antiroi suivant est le comteGuillaume II de Hollande[3]. Soutenu par le pape, il est élu le ; il prendAix-la-Chapelle et y est couronné le.
Seul fils survivant et légitime de Frédéric II, Conrad IV hérite à la mort de son père du royaume de Sicile[4], tandis que son frère illégitime,Manfred[5] , est fait prince de Tarente. Toutefois, Conrad n'est pas reconnu et, à cause d'une situation difficile en Germanie, alors que le papeInnocent IV appelle à une croisade contre lui, doit quitter l'Allemagne en 1251. En effet, des villes des Abruzzes, de Pouille, de Campanie et de Basilicate se libèrent de l'État frédéricien en se dotant demunicipalités autonomes regroupées au sein de ligues qui se placent sous la protection d'Innocent IV. Les villes de Principat et de Terre de Labour s'émancipent à leur tour entre 1254 à 1257, tout comme en SicileMessine et des villes peuplées de Lombards (Polizzi,Nicosia,Mistretta,Castrogiovanni,Piazza,Vizzini etLentini). Palerme se livre au légat du pape, Rufin de Plaisance, et signe un traité d'alliance avecCaltagirone. En réponse, Conrad IV concède des exemptions aux marchands messinois àAcre et renonce à l'impôt annuel dans lesNova Capitula de Foggia en 1252. Il accorde des faveurs auxmassari de Palerme en 1254[6]. Il repritNaples,Capoue,Aquino et réussit à s'assurer une position ferme, mais il meurt au milieu de ses conquêtes, en1254.
On accuse son demi-frère Manfred, qui convoite sa succession, de l'avoir empoisonné ; néanmoins, il souffrait déjà de la fièvre dont d'autres combattants sont également victimes.
À Conrad succède son fils Conradin, âgé de deux ans, sous la régence d'un capitaine allemand, Berthold de Hohenbourg[8]. Ce dernier voit toutefois sa régence usurpée par l'oncle de Conradin,Manfred (dont la filleConstance épouse en 1262Pierre III d'Aragon, d'où la succession au trône deSicile à partir de 1282). Le pape confirme ensuite Manfred comme vicaire de Conradin[9]. Conradin est décapité le 29 octobre 1268 après sadéfaite devantCharles Ier d'Anjou en 1268.