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Après le départ de son oncleÉric de Poméranie pour l'île deGotland, il est invité le par le Rigsråd danois à occuper le trône. Il arrive au Danemark en 1439 et gouverne d'abord comme président du Conseil Royal avant d'être proclamé roi par laDiète deViborg le.
À la suite d'une entente avecKarl Knutsson Bonde et le Conseil du royaume de Suède, il est également élu roi par le Riksråd suédois réuni àArboga en octobre 1440 puis par l'assemblée norvégienne de Loedese le. Il reçoit l'hommage des Suédois sur la Pierre de Mora le et est couronné roi de Norvège àOslo le. Le1er mai 1440, il confirmeAdolpheXI de Holstein commeduc héréditaire de Schleswig.
En 1441, il doit réprimer une insurrection des paysans duVendsyssel-Thy mais il ne parvient pas à chasser son oncle déchu qui a transformé son fief deGotland en un repaire depirates.
Christophe de Bavière tente cependant de s’opposer aux désirs d’indépendance de la haute noblesse et aux privilèges de laHanse qu'il avait été dans l'obligation de confirmer en 1445 en favorisant les relations commerciales avec l'Angleterre, l'Écosse et les Hollandais. Après l'incendie du château deRoskilde en 1443, il établit la résidence royale àCopenhague.