Il est envoyé auxIndes néerlandaises pour étudier lebéribéri, il y devient directeur duDokter Djawa School ce qui termine sa courte carrière militaire. Ses premières recherches mettent à mal un certain nombre de théories sur lemétabolisme et laphysiologie comparée des Européens et des Indonésiens. Elles démontrent que ces théories n'ont aucune base scientifique. Ses études sur la numération globulaire, le sérum sanguin, le métabolisme respiration, la régulation de température, entre autres, ne montrent aucune différence entre les Européens et les Indonésiens.
Son travail le plus connu est en partie accidentel, il remarque les symptômes dubéribéri chez des poulets dont l'alimentation a été modifiée temporairement (l'implication d'un facteur nutritionnel comme cause dubéribéri avait été suspectée précédemment parTakaki Kanehiro). Il arrive à en faire remonter la cause au riz qui pendant un certain temps avait été décortiqué. Nourris auriz blanc, les poulets avaient développé le béribéri, en 1912Kazimierz Funk isolera de la cuticule du riz lathiamine, source de la carence. Cette découverte valut à Eijkman la moitié duprix Nobel de physiologie ou médecine de 1929 (l'autre moitié a été remise àFrederick Gowland Hopkins)« pour sa découverte de la vitamine antineuritique »[1].
Dans les années1960, le gouvernement indonésien, faute de fonds, avait fermé l'Eijkman Instituut deJakarta. En 1990, l'Indonésie a créé un nouvel « Institut Eijkman de biologie moléculaire » dans les locaux de l'ancien Eijkman Instituut.
(en)Biographie sur le site de lafondation Nobel (le bandeau sur la page comprend plusieurs liens relatifs à la remise du prix, dont un document rédigé par la personne lauréate — leNobel Lecture — qui détaille ses apports)
