La plupart des champignons sont dessaprotrophes. 10 000 espèces fongiques sont considérées comme phytopathogènes[1] et sont la principale cause de maladies chez les plantes et sont responsables d'environ 70 % des maladies des plantes cultivées[2].On estime entre dix mille et quinze mille espèces le nombre d'organismes du type champignons ou pseudo-champignons susceptibles d'infecter les plantes (contre une cinquantaine susceptibles d'infecter l'homme)[3].Les pertes économiques annuelles dues aux maladies fongiques dans l'agriculture mondiale, avant et après la récolte, étaient estimées en 2003 à plus de 200 milliards d'euros, et le coût annuel des traitementsfongicides s'élève pour les seuls États-Unis à plus de 600 millions de dollars[4].
L'infection des plantes par un champignon phytopathogène se déroule selon un processus, appelé « cycle de la maladie », dont la complexité varie selon les espèces, mais qui comprend toujours un certain nombre d'étapes obligatoires (inoculation, adhérence, germination, pénétration et invasion)[3].
Les champignons phytopathogènes sont capables d'infecter n'importe queltissu à n'importe quel stade de croissance de la plante, en suivant un cycle biologique complexe qui peut comporter des stades de reproduction sexuée ou asexuée[5].
La colonisation de l'hôte par les champignons phytopathogènes (ou par d'autres agents pathogènes) peut se faire selon deux modes principaux :biotrophe, lorsque l'agent pathogène colonise des tissus vivants, ounécrotrophe lorsqu'il tue les cellules végétales, à l'aide detoxines, avant de les coloniser. Une catégorie intermédiaire est celle des hémibiotrophes qui commencent par une phase biotrophe avant de devenir nécrotrophes[6],[7].
Les champignons nécrotrophes admettent généralement une vaste gamme deplantes hôtes tandis que les espèces biotrophes montrent une grande spécialisation souvent à l'égard d'une seule espèce végétale. La plupart des espèces biotrophes sont des parasites obligatoires, avec une phase de surviesaprophyte limitée. Il est généralement impossible de les cultiver artificiellement, à quelques exceptions près commePodosphaera fusca ouBlumeria graminis[8].
Selon une enquête internationale menée en2012 auprès demycologues par la revueMolecular Plant Pathology, on a identifié les dix espèces ou genres de champignons phytopathogènes les plus importants, en tenant compte tant des aspects scientifiques qu'économiques. Ces organismes pathogènes, dont six sur dix attaquent plus spécifiquement les cultures decéréales, seraient les suivants[12] :
Colletotrichum spp., agents desanthracnoses affectant de nombreuses plantes, notamment arbres fruitiers, plantes maraîchères et ornementales, et causant des pertes post-récolte importantes chez les fruits et légumes entreposés ;
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