Le cerf de Virginie est l'un des grandsmammifères les plus communs de l'Amérique, considéré officiellement comme symbole national de la faune auCosta Rica et auHonduras.
Les mâles âgés de plus d'un an ont desbois qui se développent chaque année, à partir de la fin du printemps. Ces bois atteignent leur taille maximale en fin d'été, et persistent jusqu'à l'hiver suivant.
La gestation de la femelle peut durer de 205 à 216 jours (sept mois). Le pelage de cet animal varie en fonction des saisons, soit brun-roux en été et gris-brun en hiver[5].
Il se nourrit degousses, d'herbes, de cactus et de fruits. Son estomac lui permet de se nourrir de certaines espèces toxiques pour l'être humain dont lesumac grimpant ou certains champignons.
Le cerf de Virginie devient plus téméraire en automne (surtout en novembre, saison du rut) alors que la nourriture se fait plus rare. Il se nourrit principalement de végétaux et de petits fruits.
L'âge de la maturation sexuelle dépend à la fois de la densité de population et de l'accès à la nourriture. Lorsque les conditions sont favorables, les femelles peuvent atteindre la maturité sexuelle et commencer à s'accoupler dès l'âge de six ou sept mois et donner naissance à un faon de six à sept mois plus tard.
Les portées comptent de un à trois petits, pesant de deux à quatre kilogrammes à la naissance. Chez les jeunes biches, la portée est souvent simple, en particulier lorsqu’il s'agit de leur première portée. Si l'hiver a été particulièrement rude, ou bien que la population se situe sur un territoire pauvre en nourriture, les portées compteront rarement plus d'un petit.
Les naissances ont le plus fréquemment lieu à la fin mai et au début juin, quoiqu'elles puissent s'étendre sur une période allant de la fin mars jusqu'au début août pour les accouplements précoces ou tardifs.
Les mâles deviennent matures en moyenne à la moitié de leur deuxième année, quoique peu d'entre eux aient la chance de se reproduire à cet âge, en raison de la forte compétition avec les autres mâles au moment durut.
AuxÉtats-Unis, on estime qu'à la suite d'unegestion restauratoire des populations, la population américaine de cerf de Virginie est passée d'environ 300 000 individus vers 1930 à 30 millions aujourd'hui[Quand ?], soit une multiplication par 100[3]. Cela a notamment pu profiter auxtiques, lesquelles diffusent lamaladie de Lyme.
C'est une espèce qui a su également profiter de certains espaces périurbains.
Cet animal est vulnérable à lafragmentation écologique de ses habitats, parce qu'il doit se déplacer entre ses aires hivernales et estivale et car il traverse souvent des routes sans craindre les voitures, et sa présence n'est pas partout indiquée par un panneau ; chaque année de nombreux décès paraccidents de la route impliquent unecollision entre animal et véhicule[6]. En Amérique du Nord, notamment, depuis quelques décennies des mesures conservatoires (ex :écoducs etsautoirs permettent de limiter le nombre de collisions impliquant le cerf notamment lors de ses migrations[7],[8].
Au Québec, le ministère de l'Environnement, de la lutte contre les changements climatiques, de la Faune et des Parcs a autorisé une augmentation de la chasse aux cerfs de Virginie. À l'exception de l'île d'Anticosti, quelque 55 000 cerfs ont été chassés dans la province, en 2023. En 2024, ce nombre monte à plus de 70 000 cerfs[9].
Dans plusieurs pays, conformément à l'approcheOne Health promue par l'Organisation mondiale de la santé (OMS) et l'OIE, legibier fait régulièrement l’objet d'un suiviéco-épidémiologique.
En 2021 et 2022, des études ont mis en évidence« une infection généralisée chez le cerf de Virginie (Odocoileus virginianus) en Amérique du Nord, avec des centaines d'animaux infectés dans 24 États américains et plusieurs provinces canadiennes »[10]. Ceci a des implications écoépidémiologiques importantes pour le virusSARS-CoV-2 responsable de lapandémie de COVID-19 : il pourrait persister à long terme, continuer à évoluer chez les cerfs, puis possiblement réapparaitre chez l'Homme (car dans un « système à plusieurs hôtes réservoirs »[11], il peut avoir un avantage sélectif : il ne disparait pas au cas où il disparaîtrait chez l'un des réservoirs individuels[12]). Le Cerf de Virginie est la première espèce sauvage chez laquelle une transmission du SARS-CoV-2 entre animaux vivant en liberté a été documentée[10]. L’infection sembleasymptomatique, mais le cerf pourrait propager le virus à d'autres animaux (sauvages ou du bétail) plus vulnérables[10].
« Le fait que les animaux deviennent un réservoir viral, servant de source récalcitrante d'épidémies et élevant potentiellement de nouvelles variantes » inquiète les chercheurs, dont certains pensent que« levariant Omicron, hautement infectieux, a passé du temps dans un réservoir animal avant d'apparaître chez l’Homme »[10].
Vulnérabilité du Cerf de Virginie au virus SARS-CoV-2
En 2021, on sait que la protéine du récepteurACE2 (cible du virus sur les cellules de l’organisme qu’il infecte) est chez le Cerf de Virginie similaire à celle de l'Homme.
Et en mars 2022, dans l’ouest du pays — dans l'Utah, une autre espèce (Cerf mulet ;Odocoileus hemionus) a aussi été testée positive au SARS-CoV-2. Au début avril 2020, aucune autre espèce de cervidé ne semble avoir été observée porteuse du virus.
Et, curieusement, en 2022, en Autriche et Allemagne où des chevreuils (Capreolus capreolus), des cerfs élaphes (Cervus elaphus) et des daims (Dama dama) ont été testés pour le virus, ils semblent tous épargnés, même dans les zoos[15]… alors que« Toutes les données sur les récepteurs ACE2 suggèrent que les espèces de cerfs européens devraient être aussi sensibles que les cerfs de Virginie »[10].
Les premières études n'ont pas détecté de signe clinique notable. Unerhinite, une atténuation marquée de l'épithélium respiratoire de la trachée, unebronchite et, dans certains cas, unebronchiolite ont néanmoins été observées lors d'inoculations expérimentales de cerfs de Virginie[16]. En 2022, on ignore encore si les cerfs sauvages peuvent présentent des symptômes en cas d'infection ; répondre à cette question exigerait des études longitudinales statistiquement beaucoup plus puissantes (pour rappel, près des trois quarts des cas humains testés positifs au SRAS-CoV-2 — par RT-PCR — étaient asymptomatiques)[17].
En Amérique du Nord, en 2021 et 2022, des variants du SARS-COV-2 circulent abondamment chez le Cerf de Virginie. Et ils« reflètent généralement ceux qui se propagent chez les humains proches. Des études suggèrent aussi que leSARS-CoV-2 dans la nature pourrait déjà explorer de nouvelles voies d'évolution grâce à des mutations du virus »[10].
385 échantillons sanguins de cerfs de Virginie prélevés de janvier à mars 2021 ont été étudiés dans le cadre normal de la surveillance des maladies de la faune dans l'Illinois, duMichigan, de l'État de New York et dePennsylvanie : 40 % d'entre eux contenaient des anticorps anti-SRAS-CoV-2 (résultat publié en préimpression en juillet 2021)[10]. Il fallait encore vérifier que ces anticorps ne provenaient pas d’infections par d’autres coronavirus chez les cerfs[10]. L'effort d'échantillonnage a donc été amplifié, et étendu à une grande partie de l'Amérique du Nord.
À partir de décembre 2020, les tests PCR ont commencé à être positifs (ex. : en 2021, dans l’Ohio, 129 cerfs étaient positifs pour l'ARN viral du SRAS-CoV-2 sur 360 animaux échantillonnés entre janvier et mars 2021)[10]. EnIowa 33 % de 283ganglions lymphatiques rétropharyngés de cerfs échantillonnés entre avril 2020 et janvier 2021 étaient également positifs pour le SRAS-CoV-2 (surtout en novembre-décembre 2020, période coïncidant avec celle d'un pic épidémiologique humain[12]. Dans l’Ohio, plus de 50% des génomes viraux séquencés chez le cerf de Virginie étaient les mêmes que ceux trouvés chez les humains malades de la COVID-19 dans cet État. Le virus « humain » semble s’être propagé chez les cerfs à au moins six reprises, et les mutations observées chez les cerfs montrent que l'infection se propageait rapidement entre cerfs[10],[18].
Des cerfs infectés ont ensuite été trouvés dans 24 des 30 États américains où un échantillonnage a été signalé, mais aussi auQuébec[19], enOntario[20], au Saskatchewan, dans le Manitoba, au Nouveau-Brunswick et en Colombie-Britannique, bien que les taux de séropositivité au Canada aient été plus faible, à 1-6 %. Fin décembre 2021, des chercheurs découvrent que le variant hautement transmissible d'Omicron a contaminé des cerfs de Virginie vivant àStaten Island (l'un des cinq arrondissements de la ville de New York)[14]. En Ontario, dès novembre-décembre 2021, dans un travail publié en préimpression de février 2021 des chercheurs décelaient et signalaient des signes d'évolution à long terme du virus chez le cerf de Virginie[20].
Les mâles sont plus touchés par le virus que les femelles, comme c'est le cas avec l'encéphalopathie des cervidés et de la tuberculose, probablement car les mâles ont un domaine vital plus grand, se déplacent plus, et ont plus de contacts avec d'autres cerfs lors de la saison de reproduction (automne-hiver). Une autre raison est la dynamique propre aux groupes sociaux de cerfs célibataires mâles[21], qui forment des groupes lâches de deux à six individus se touchant et se lèchant souvent, alors que les cerfs matriarcaux vivent avec leur harde de femelles et leurs faons[10].
Le Cerf de Virginie approche souvent l'Homme ; il est aussi élevé pour sa viande, et des lieux de réhabilitation accueillent des faons orphelins. Les cerfs captifs ont souvent des contacts avec l’Homme et parfois avec des cerfs sauvages, ils peuvent aussi s’enfuir ou être relâchés dans la nature, mais selon Vanessa Hale« il n'y a probablement pas assez de contacts directs dans aucun de ces scénarios pour expliquer les centaines de cas détectés jusqu'à présent, sans parler des innombrables autres qui n'ont tout simplement pas été enregistrés »[18].
Des cerfs pourraient s’infecter en enfonçant leur museau dans des masques jetés ou en mangeant des végétaux contaminés et/ou en buvant de l’eau contaminé par l’Homme.
On a aussi constaté,« notamment, après le pic de cas humains de novembre 2020 dans l'Iowa » que les infections de cerfs par le SRAS-CoV-2 ont coïncidé« avec le début de l'hiver et le pic de la saison dechasse au cerf »[22].
L'agrainage apporté par les chasseurs qui nourrissent et appâtent ainsi les cerfs, pourrait être l'une sources humaines de virus, et il favorise le regroupement d'animaux normalement éparpillés[18] (situation connue pour être propice à la contagion inter-individus)[12].
Ainsi, lors de la deuxième semaine de janvier 2021, en fin de saison de chasse régulière, les cinq échantillons de RPLN de cerfs récoltés étaient tous positifs pour l'ARN du SRAS-CoV-2[12].
Et durant les 7 dernières semaines (du 23 novembre 2020 à la fin de la saison de chasse le 10 janvier 2021), 80 des 97 échantillons de RPLN de cerfs de tout l'État (82,5 %) étaient positifs pour le SRAS-CoV- 2 ARN[12].
Un nombre élevé de copies d'ARN viral a souvent été retrouvé dans les échantillons de ganglions de cerfs (allant de 2,7 copies à 2,3 × 106 copies par millilitre), suggérant que de nombreux cerfs avaient probablement une charge virale élevée[12].
On sait que le virus infectieux est présent dans les excréments des animaux infectés (homme y compris) et qu'il a aussi une certaine capacité persistance dans l'eau (au moins une semaine quand la charge virale est importante)[23], et que les eaux usées contiennent souvent de l'ARN viral mais on n’y a pas trouvé le virus lui-même et on trouve des cerfs contaminés loin des lieux habités[24]. Enfin, levison d'Amérique et/ou peut-être lechat sauvage pourraient aussi être des intermédiaires[10]. Ces modes d’infection peuvent coexister[10], faisant craindre que le cerf puisse devenir un réservoir du SRAS-CoV-2 et une source possible d'épidémies récurrentes chez d'autres animaux (humains y compris), tout comme lechameau est devenu un réservoir naturel du coronavirus MERS-CoV-2. Dans ce, le SRAS-CoV-2 pourrait muter et se recombiner avec d'autres coronavirus dangereux pour d'autres animaux partageant des pâturages avec des cerfs (vaches, moutons, chèvres...)[10].
Le cerf de Virginie vit sur quelques kilomètres carrés presque toute l’année, mais au moment de la reproduction (octobre - février), ils se déplacent plus (de quelques dizaines de km à une centaine de kilomètres parfois. Quand il y a beaucoup de neige plusieurs groupes peuvent cohabiter dans des zones mieux protégées en Forêt (autre occasion de contagions inter-individus et inter-groupes)[10].
Début 2021, les parents viraux les plus proches des virus infectant les cerfs de Virginie étaient ceux trouvés chez de personnes du Michigan près d'un an plus tôt ; le virus circule donc depuis de mois chez les cerfs, et note la virologue canadienne Mubareka, et comme ceci a pu être démontré avec un échantillonnage très clairsemé, il semble que d'autres choses se passent dans la faune sauvage. Ainsi, une préimpression de février 2021 fait état de variants Alpha et Delta du SARS-CoV-2 trouvés chez des cerfs en Pennsylvanie en novembre 2021[25].
Les génomes Alpha y étaient distincts de ceux trouvés chez l'homme et ont été trouvés des mois après que Delta soit devenu prédominant chez l'Homme, évoquant une évolution indépendante du variant Alpha au sein de la population de cervidés. On soupçonne aussi que dans un cas au moins, c'est le cerf qui a pu infecter un humain et non l'inverse (sans le sud-ouest de l’Ontario)[10].
Si ce phénomène est courant, le virus pourrait ne pas s'estomper, mais continuer à longtemps circuler tout en évoluant[10]. En mars 2021, l'USDA a été mission (avec 300 millions de dollars de subvention) pour enquêter sur les animaux sensibles au SRAS-CoV-2, dont en échantillonnant des cerfs durant la saison de chasse 2022-2023 dans au moins 27 États[10]. Et des inoculations expérimentales doivent montrer si les variants telles que Omicron et Delta se comportent différemment chez le cerf de Virginie, et quels autres animaux sauvages elles peuvent infecter (dontcerf mulet etwapiti, deux autres cervidés)[10].
Le cerf de Virginie possède plusieurs noms vernaculaires, soit chevreuil, chevreuil de Virginie etcariacou[26]. Le terme « chevreuil » pour désigner le cerf de Virginie est attesté depuis 1613 parSamuel de Champlain. À cause de la confusion que cela porte avec lechevreuil (Capreolus capreolus), le langage de spécialité (nomenclature zoologique) lui préfère « cerf de Virginie ». Le terme chevreuil est cependant grandement généralisé dans toutes les variétés du français en Amérique du Nord. Il est aussi couramment utilisé enlittérature québécoise et canadienne française depuis l'époque de laNouvelle-France.Certains[Qui ?] considèrent que « chevreuil » devrait être utilisé comme générique français pour désigner le genreOdocoileus et d'utiliser « chevreuil de Virginie » comme terme spécialisé pour désigner l'espèce, ce qui aurait pour avantage de concilier l'usage courant avec l'usage spécialisé[2].
Bien que dans plusieurs ouvrages, le termecariacou est désigné comme étant un synonyme decerf de virginie,cariacou ne désigne que quelques sous-espèces vivant enAmérique du Sud, particulièrementOdocoileus virginianus cariacou[2].
Selon l'Office québécois de la langue française, le termechevreuil est préférable àcerf pour ce qui est de la restauration, puisque celui-ci est un terme générique et peut donc prêter à confusion. Notamment avec leWapiti aussi appelé « cerf du Canada ». Dans ce contextenord-américain, il est préférable d'utiliserchevreuil, qui est sans équivoque et utilisé couramment[2].
↑WilliamLévesque, « Cerf de Virginie », surAnimaux du Québec(consulté le)
↑Labadie, R. (2010). Étude et prévention des accidents de la route impliquant le cerf de Virginie dans l'ouest-de-la-Montérégie. Library and Archives Canada= Bibliothèque et Archives Canada, Ottawa
↑De Bellefeuille, S. et M. Poulin (2004) Mesures de mitigation visant à réduire le nombre de collisions routières avec les cervidés. Ministère des Transports, Québec, 117 p.
↑KonnerCool, Natasha N.Gaudreault, IgorMorozov et Jessie D.Trujillo,Infection and transmission of ancestral SARS-CoV-2 and its alpha variant in pregnant white-tailed deer,(lire en ligne)
↑Figure 1 : Courbe épidémique montrant les cas hebdomadaires de SARS-CoV-2 (pour 100 000) chez l'homme et la variation mensuelle de la positivité du SARS-CoV-2 chez les cerfs de Virginie dans l'Iowa. Le diagramme figure notamment Le moment du premier échantillon positif identifié chez le cerf de Virginie le 28 septembre 2020 et le début et la fin de la saison de chasse au cerf de Virginie le 19 septembre 2020 et le 10 janvier 2021, respectivement pour le cerf et le Cerf de Virginie
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