Lacartographie génétique est la construction d’une carte soit localisée autour d’ungène, soit à base large portant sur legénome entier. Plus généralement, c’est la détermination de la position d’unlocus (gène oumarqueur génétique) sur unchromosome en fonction du taux derecombinaison génétique. Son unité de distance est lecentimorgan (cM).
L'action de cartographier consiste à déterminer les positions relatives deslocus (gènes ou séquences d’ADN) sur unchromosome. Les cartes de liaison sont obtenues à partir de la fréquence de recombinaison entre leslocus. Les cartes physiques sont généralement obtenues par l’utilisation de l’hybridationin situ des fragments d’ADN clonés avec des chromosomes enmétaphase, ou l’utilisation d’hybrides somatiques ou hybrides d’irradiation.
La première carte génétique est réalisée en 1913 parThomas Hunt Morgan etAlfred Sturtevant sur lechromosome X de ladrosophile[1]. La première plante cartographiée est lemaïs en 1935 grâce à la technique des marqueurs phénotypiques. La technique du marquage moléculaire est beaucoup plus récente.
Une carte étant un diagramme représentant la position relative deslocus sur unchromosome et les distances entre eux, on distingue les types de cartes suivants :
Descartes cytologiques des gènes associés auxmutations peuvent être établies lorsque certaines mutations ont un support chromosomique qui peut être mis en évidence par les techniques de colorations de bandes des chromosomes.
Lacartographie comparée est la comparaison de l’emplacement des gènes et des marqueurs sur une carte chromosomique entreespèces. Dans les comparaisons entre des espèces proches, on découvre un degré élevé de conservation :
Dans ce cas, la localisation de plusieurs gènes peut être prédite grâce à un modèle de données. Les comparaisons entre espècesphylogénétiquement éloignées révèlent une augmentation de la perte de synténie.
LacartographieS1 est une méthode de caractérisation des modifications posttranscriptionelles dans l’ARN (épissage desintrons, etc.) par hybridation de l’ARN avec unADN simple brin et son traitement avec unenucléase S1.
