Elle a été une importante ville romaine, laCalagurris Iulia Nasica, qui s'est maintenue jusqu'au Moyen Âge.
Calahorra est aussi la ville du grand maître derhétoriqueMarcus Fabius Quintilianus, auteur de divers textes et maître à la cour romaine. En son honneur est érigée une statue face à la Mairie.
Calahorra est habitée depuis le Paléolithique et sa population stable remonte à l'âge du fer.
Rome conquit la ville en 187 av. J.-C. et la porte à son apogée en tant que centre administratif des régions environnantes. Calahorra soutintQuintus Sertorius dans sa guerre contre Pompée, et contre qui la ville résista avec succès depuis 76 av. J.-C. Elle ne fut reprise que quatre ans plus tard par le légat de Pompée,Lucius Afranius, après que de nombreux habitants furent morts de faim et qu'il y eut eu cannibalisme. Jules César et Auguste César accordèrent à la ville (alors appeléeCalagurris) de nombreuses distinctions, la transformèrent en municipalité et développèrent son urbanisme, son économie et sa politique. Ses vestiges archéologiques montrent qu'elle possédait un cirque, des bains, un amphithéâtre et d'autres services que l'on trouve dans les grandes villes. Elle battait la monnaie et servait de centre d'administration de la justice.
Quintilien, bien connu pour ses descriptions de la culture de cette époque, est né à Calahorra et leParador de la ville porte son nom. Elle abrite des ruines romaines. Les saintsEmeterius etCeledonius, martyrisés dans la ville vers 305 après J.-C., sont les saints patrons de la ville, et les armoiries de la ville représentent leurs noms. La cathédrale leur est dédiée. Le poète romain chrétien Prudentius a peut-être habité à un moment donné à Calahorra, qui la situe sur le territoire desVascons auIVe siècle.
Calahorra abritait autrefois l'une des plus anciennes communautés juives de Castille, datant de 1145 après J.-C. En 1492,lorsque les Juifs furent expulsés, la plupart partirent plutôt que de devenir desconversos.[2]
La population avait atteint 7 000 habitants dans les années 1840.[3]