Par amour de la paix, il chercha à réconcilier la papauté avecPhilippe le Bel : annulation desbulles lancées par son prédécesseur ; amnistie accordée aux frèresJacques Colonna etPierre Colonna sans pour autant les réintégrer auSacré Collège. Cependant il écarta de l'amnistie les coupables directs de l'attentat d'Anagni :Sciarra Colonna etNogaret, en fulminant contre eux la bulle d'excommunicationFlagitiosum Scelus, du, les citant à comparaître devant son tribunal, dans le délai d'un mois, àPérouse, sous peine d'être condamnés parcontumace. Nogaret, pour sa part, ne se présentant pas, est resté canoniquement sous le coup de la sentence d'excommunication.
Après cinq mois de présence à Rome, il décida de s'établir àPérouse où il mourut le 7[1] juillet1304.
Peu avant sa mort,BenoîtXI avait annulé presque toutes les mesures prises par son prédécesseurBonifaceVIII contrePhilippe le Bel (dont une menace d'excommunication), mais en gardant dans sa mire quelques mandataires du roi, notammentGuillaume de Nogaret, qu'il avait cité à comparaître, mais qui s'abstint de se présenter. Le pape s'apprêtait à le condamner par contumace au moment où il mourut[2]. Des mauvaises langues de l'époque ont prétendu qu'il avait été empoisonné par desfigues envoyées par Nogaret, mais cette accusation n'est pas prouvée.Jean Favier, dansLes Papes d'Avignon, parle simplement d'indigestion pour avoir trop mangé de figues fraîches[3].
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