Une grande partie du récif est protégée par le Belize Barrier Reef Reserve System, qui comprend sept réserves marines, 450 cayes et trois atolls. Il s'étend sur 960 kilomètres carrés dans la région, y comprenant :
Le réseau de réserves du récif de la barrière du Belize est inscrit aupatrimoine mondial de l'UNESCO en 1996. Le site est inscrit sur laliste du patrimoine mondial en péril en2009, avant d'en être retiré en2018 consécutivement« à une période intensive de mise en œuvre d'actions et de mesures de conservation historiques au cours de l'année écoulée »[1].
En décembre 2010, le Belize est devenu le premier pays au monde à interdire totalement le chalutage de fond[2],[3]. En décembre 2015, le Belize a interdit les forages pétroliers en mer à moins de 1 km de la barrière de corail[4].
Malgré ces mesures de protection, le récif reste menacé par la pollution océanique ainsi que par le tourisme, la navigation et la pêche incontrôlés. Parmi les autres menaces, citons les ouragans, ainsi que leréchauffement climatique et l'augmentation de la température des océans qui en résulte[5] qui cause leblanchissement des coraux. Les scientifiques affirment que plus de 40 % du récif corallien du Belize a été endommagé depuis 1998[6].
La barrière de corail du Belize a été touchée par des épisodes de blanchiment massif. Le premier blanchiment massif a eu lieu en 1995, avec une mortalité estimée à 10 % des colonies de coraux, selon un rapport de l'Institut de gestion des zones côtières du Belize. Un deuxième épisode de blanchiment massif s'est produit lors du passage de l'ouragan Mitch en 1998. Les biologistes ont observé une réduction de 48 % de la couverture de coraux vivants dans le système récifal du Belize.
En général, il est difficile de distinguer si le blanchiment des coraux est dû aux activités humaines ou à des raisons naturelles telles que les tempêtes ou les fluctuations bactériennes. Mais dans le cas de la barrière de corail de Belize, de nombreux facteurs qui rendent cette distinction difficile ne s'appliquent pas. La population humaine y est beaucoup plus clairsemée que dans les zones correspondantes proches d'autres récifs coralliens. L'activité humaine et la pollution y sont donc beaucoup plus faibles que dans d'autres récifs coralliens et le système récifal du Belize se trouve dans une zone beaucoup plus fermée.
Lorsque le blanchiment du corail se produit, une grande partie du corail meurt, et la partie restante de l'écosystème commence le processus de réparation des dommages. Mais les chances de récupération sont faibles, car les coraux blanchis deviennent beaucoup plus vulnérables aux maladies. Les maladies tuent souvent plus de coraux que le blanchiment lui-même. En cas de blanchiment continu, les chances de rétablissement du récif corallien sont faibles, voire nulles[7].
En1984 et1985, la barrière de corail du Belize été représentée sur quelques timbres à l'attention desphilatélistes sous l'administration postale desCayes of Belize (enfrançais « Cayes du Belize ». Ces timbres n'étaient pas reconnus par le Belize et l'UPU mais certains ont réussi à circuler, le plus souvent par complaisance.