Elle fut fondée le par lesecrétaire à la Marine des États-Unis,George Bancroft et le professeur dechaire de mathématiquesWilliam Chauvenet. L'école occupait alors un simple fort en bois, nommé Fort-Severn et s'appelait simplement « École navale »(Naval School). La première promotion comportait 50 marins. En1850, l'école devint l'Académie navale, et son cursus passa à quatre ans. Son développement fut continu au fil des années. De nos jours, chaque promotion compte environ 4 000 élèves officiers.
L'école s'ouvrit aux femmes en1976. À l'heure actuelle, celles-ci représentent environ 15 % de chaque promotion.