La Fédération du Panama de football (Federación Panameña de Fútbol en espagnol) est fondée en 1937 puis affiliée à laFIFA l'année suivante. Elle devient membre de laCONCACAF en 1961.
Le premier match officiel de l’équipe du Panama est joué à domicile, contre leVenezuela, le, et se conclut par la première victoire de son histoire sur le score de 3 buts à 1. Quatre jours plus tard, encore à domicile, le Panama concède sa plus large défaite face auCosta Rica, match qui se solde par un très sévère 11-0 pour les visiteurs. La plus large victoire se produit àBarranquilla, enColombie, le, contrePorto Rico, avec un score fleuve de 12 buts à 0 pour les Panaméens.
La sélection panaméenne est sacrée, à domicile, championne d'Amérique centrale et des Caraïbes (Coupe CCCF) en 1951 devant le Costa Rica (deuxième) et leNicaragua (troisième). Il s'agit là du premier titre international des Panaméens. Par ailleurs, ils finiront à la troisième place en 1948 et quatrième en 1941 et1957.
Pour son premier tournoi de qualification à uneCoupe du monde en1978, le Panama est battu au premier tour par leSalvador, le Costa Rica et leGuatemala. Pour laCoupe du monde 1982, il finit bon dernier de la poule d'Amérique centrale (premier tour) derrière leHonduras, le Salvador, le Guatemala et le Costa Rica. Pour laCoupe du monde 1986, il est éliminé par le Honduras (0-3, 0-1) au premier tour. Pour laCoupe du monde 1990, il est battu par le Costa Rica (0-2, 1-1) toujours au premier tour.
Pour laCoupe du monde 1994, elle est battue par le Costa Rica au premier tour de qualifications. À laCoupe UNCAF des Nations 1995, elle bat le Nicaragua lors du tour préliminaire, mais est battue au premier tour par le Guatemala et par le Honduras, cela ne lui permet pas de participer à laGold Cup 1996. À laCoupe UNCAF des Nations 1997, elle batBelize au tour préliminaire, puis est battue par le Honduras et le Salvador et rate sa qualification à laGold Cup 1998.
Pour laCoupe du monde 1998, après avoir battu le Belize au premier tour, le Panama est éliminé par leCanada et le Salvador au deuxième tour, finissant troisième de la poule devantCuba. À laCoupe UNCAF des Nations 2001, il termine deuxième lors du premier tour derrière le Salvador, devant le Honduras et le Nicaragua, mais termine dernier de la poule finale derrière le Guatemala, le Costa Rica et le Salvador. Il perd en match de barrage pour laGold Cup 2002 contre Cuba (0-1) ce qui l'élimine du tournoi continental.
Pour laCoupe du monde 2002, il termine premier devant le Honduras et le Nicaragua lors du premier tour, mais est éliminé en terminant quatrième de la poule du second tour, derrièreT&T, leMexique et le Canada. À laCoupe UNCAF des Nations 2003, il termine cinquième seulement devant le Nicaragua mais derrière le Costa Rica, le Guatemala, le Salvador et le Honduras. Cela s'avère insuffisant pour se qualifier à laGold Cup 2003.
Lors de laCoupe UNCAF des Nations 2005, le Panama termine deuxième lors du premier tour, mais est battu en demi-finales par le Honduras et perd aussi la petite finale contre le Guatemala, cela ne l’empêche pas de se qualifier pour laGold Cup 2005.
En phase finale, au premier tour, il bat laColombie (1-0, but deLuis Tejada), fait match nul contre Trinité-et-Tobago (2-2, doublé de Luis Tejada) et perd contre le Honduras (0-1). Il bat en quarts l’Afrique du Sud, invitée par laCONCACAF (1-1 a.p, 5:3 tab (but deJorge Dely Valdes)), puis bat de nouveau en demies la Colombie (3-2,doublé deRicardo Phillips et but de Jorge Dely Valdes). Hélas, le Panama perd en finale contre les États-Unis (0-0 a.p, 3:1 tab).
Du fait du très bon parcours de l’équipe panaméenne dans cette compétition,Luis Tejada est sacré meilleur joueur du tournoi et co-meilleur buteur avec 3 buts;Jaime Penedo, le meilleur gardien de la compétition etFelipe Baloy, l'un des meilleurs défenseurs.
De 2005 à 2011 : la première victoire en Coupe UNCAF
Pour laCoupe du monde 2006, le Panama batSainte-Lucie au premier tour, puis termine deuxième lors du second tour derrière les États-Unis, devant la Jamaïque et le Salvador, mais termine dernier du tour final, derrière les États-Unis, le Mexique, le Costa Rica, Trinité-et-Tobago et le Guatemala.
L’équipe du Panama ne participe pas à laCoupe du monde de football 2010 en raison d'une élimination, à la surprise générale, dès le second tour aux mains du Salvador (1-0 puis 1-3). Vainqueur de laCoupe UNCAF des Nations 2009 en battant le Costa Rica en finale (0-0 a.p, 4:2 tab), le Panama fut éliminé par les États-Unis en quarts de finale de laGold Cup 2009 (2-1 a.p).
Qualifié pour laGold Cup 2013 auxÉtats-Unis en battant 3-1 leGuatemala en match pour la cinquième place de laCoupe UNCAF des nations 2013, le Panama débute sous de bons auspices le tournoi continental en battant leMexique 2-1, le, et ce pour la première fois de son histoire. Pour leur deuxième match, les Panaméens assurent leur qualification en quarts de finale en disposant difficilement de laMartinique 1-0 sur un pénalty de Manuel Torres à la83e minute de jeu. Après avoir été accrochés 0-0 par leCanada lors de la troisième et dernière journée de la phase de poule, les Panaméens se qualifièrent pour leur3e demi-finale de Gold Cup en disposant facilement deCuba (6-1). En battant pour la deuxième fois le Mexique (2-1), cette fois-ci en demi-finale, lesCanaleros se hissent en finale de la Gold Cup où ils affrontent les États-Unis dans un match qui s'annonce comme la revanche de la finale perdue de2005. En s'inclinant 0-1 (but deBrek Shea), les Panaméens passent à côté d'un premier sacre continental.
Cette place d'honneur enGold Cup leur confère le droit de disputer les barrages de laCopa América Centenario en. Après avoir disposé facilement deCuba (4-0), lesCanaleros sont placés dans le groupe D du tournoi sud-américain, en compagnie de l'Argentine (tête de série), duChili (tenant) et de laBolivie. Ils débutent bien la compétition, le, en battant la Bolivie 2-1 (doublé deBlas Pérez) avant de succomber respectivement 5-0 et 4-2 face à l'Argentine deMessi (qui marque un triplé à l'occasion) et le Chili[6],[7], futur vainqueur de l'épreuve.
Présents sur le podium de la Gold Cup trois fois d'affilée (de 2011 à 2015), les Panaméens ratent la passe de quatre puisqu'ils sont battus en quarts-de-finale de l'édition 2017 par leCosta Rica qui s'impose à la faveur d'uncsc du milieu de terrainAníbal Godoy.
La première Coupe du monde en 2018 et la Gold Cup 2019
Quatre ans après avoir raté de peu la qualification auMondial 2014, le Panama décroche enfin son billet pour laCoupe du monde en battant le Costa Rica (2-1), le, lors de la dernière journée deséliminatoires de la Coupe du monde 2018. Cette victoire, teintée de polémique puisque le premier but panaméen n'a jamais franchi la ligne[8], conjuguée à la défaite inespérée des Américains àPort of Spain, contreTrinité-et-Tobago, permet auxCanaleros de se qualifier directement à laCoupe du monde 2018 enRussie. Il s'agit de leur première participation au tournoi après dix tentatives infructueuses.
Lors de laGold Cup 2019, le Panama termine2e du groupe D au1er tour derrière lesÉtats-Unis avec 6 points grâce à deux victoires contre une défaite (0-1 face aux Américains) et se qualifie pour la phase à élimination directe. Il y retrouve laJamaïque en quarts de finale et s'incline 0-1.