De 1900 à 1904, l'administration préfectorale, lesloges maçonniques duGrand Orient de France et d'autres réseaux de renseignement établissent des fiches sur les officiers, qui sont transmises au cabinet du général André afin de décider de l'avancement hiérarchique et des décorations à attribuer. Ces documents secrets sont préférés par André aux notations officielles du commandement militaire. Ils lui permettent de mettre en place un système où l'avancement des officiersrépublicains,francs-maçons oulibre-penseurs est favorisé tandis que la carrière des militairesnationalistes etcatholiques — conviction religieuse qui vaut, pour le Grand Orient et le cabinet d'André, hostilité à la République — est entravée, dans le but de s'assurer de la loyauté de l'armée au régime en place.
Le, le députéJean Guyot de Villeneuve interpelle le gouvernement à laChambre des députés et révèle le système de fichage instauré par le général André et le Grand Orient, produisant à l'appui de ses accusations des fiches qui lui ont été remises parJean-Baptiste Bidegain, adjoint du secrétaire-général du Grand Orient. Le ministre nie avoir connaissance de ces agissements, mais durant la séance du, Guyot de Villeneuve produit un document qui incrimine André directement. La séance est houleuse et ledéputé nationalisteGabriel Syveton gifle le ministre de la Guerre, déclenchant une empoignade dans l'hémicycle.
Le scandale est important. Les rebondissements et les révélations se succèdent pendant plusieurs mois, tandis que la presse publie régulièrement les fiches en question. Malgré le soutien deJean Jaurès et duBloc des gauches, legouvernement Émile Combes chute le, emporté par l'affaire. Lecabinet Rouvier, qui lui succède, condamne formellement le fichage, prononce des sanctions symboliques et mène une politique d'apaisement. Néanmoins, le système des fiches se poursuit après 1905, appuyé non plus sur le Grand Orient mais sur les renseignements préfectoraux et adossé à la pratique de pressions politiques. En 1913, le ministre de la GuerreAlexandre Millerand y met fin définitivement.
Ce système de fichage politique, en plus de provoquer une certaine crise morale dans les milieux dreyfusards qui se divisent sur la priorité à donner entre la défense de la République et la protection de laliberté de conscience, semble avoir affaibli le haut-commandement militaire, du fait de plus d'une dizaine d'années dediscriminations à l'avancement des officiers. Ceci a eu des conséquences difficiles à évaluer sur les premiers mois de laPremière Guerre mondiale.
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