Labergejärven pohjoispuolella Yukon virtaa leveässä laaksossa, missä jokitörmät eivät ole korkeita.Carmacksin pohjoispuolella neljä pientä kalliosaarta jakaa joenFive Finger Rapidsin koskeksi.Fort SelkirkissäPellyjoesta tuleva vesi kasvattaa Yukonia huomattavasti.White River puolestaan tuo kirkkaaseen Yukoniin silttipitoista vettä joen lounaispuolen vuorisoista.[2]
Dawson Cityn kohdalla Yukoninvirtaama on keskimäärin 2 095 kuutiometriä sekunnissa. Määrässä on kuitenkin selkeä ero kesäkuukausien huippuvirtauksen ja maaliskuun jään alla tapahtuvan virtauksen välillä. Dawsonin jälkeen jokilaakso kapenee ja ylätasanko kohoaa 25 kilometrin päässä joen pohjoispuolella 1 200 metriä korkeaksi vuoristoksi. Yukonjoki virtaa Alaskan rajalla 300 metriä merenpinnan yläpuolella.[2]
Alaskassa Yukonin ensimmäinen suurempi sivujoki onPorcupine, joka laskee jokeenFort Yukonissa. Yukon virtaa Porcupinen kohdalla noin 240 kilometrin matkan tasaisessa ja leveässä laaksossa. Siellä jokivesi joutuu pujottelemaan useiden saarien ja hiekkasärkkien välistä. Laakson läntisessä päässä on kapea sola, jossa joki virtaa koskessa.[2]
Yukonin tärkein eteläinen sivujoki Alaskassa onTanana, jonka liittymäkohdalla Yukon on enää 90 metriä merenpinnan yläpuolella. Tananajoen varrella on Yukonin valuma-alueen suurin kaupunki,Fairbanks. Yukonjoen laakso levenee jälleen Tananan virrattua siihen, vaikkakinKokrines Hills kohoaa sen pohjoispuolella 900 metrin korkeuteen.[2]
Tananan liittymäkohdasta 280 kilometriä alajuoksun suuntaan Yukoniin virtaa sen viimeinen tärkeä sivujoki, kunKoyukuk laskee siihen. Viimeisen 160 kilometrin matkan Yukon joutuu kiemurtelemaan vuoristoisen alueen halki. Juuri ennenBeringinmerta Yukon kaartuu jyrkästi pohjoiseen ja laskee vetensäNortoninlahteen. Joensuisto on 65 kilometriä leveä, soinen ja järvinen alue.[2]
Yukon virtasi useiden Amerikan alkuperäiskansojen asuinalueen läpi.Athabascankieliset tarinat Tachokaii-nimisestä sankarista kertovat sekä joen että ajan luomisesta. Monet alkuperäisasukkaat kalastivat Yukonjoessa lohia ja muuttivat kalojen vaellusajan mukaan joen varrella. Alkuperäisasukkailla oli myös laaja kauppaverkosto joen varrella.[4]
Eurooppalaiset saapuivat Yukonjoelle 1700-luvun lopulla, jaHudson’s Bay Company perusti 1847 Yukonin ja Porcupinen risteyskohtaan Fort Yukonin ja vuotta myöhemmin Yukonin ja Pellyn risteyskohtaan Fort Selkirkin.[4] Intiaanien poltettua Fort Selkirk vuonna 1852 eurooppalaiset vetäytyivät Yukonin yläjuoksultaa kahdeksi vuosikymmeneksi.[2]Alaska Commercial Company perusti 1874Fort Reliancen ja alkoi pian sen jälkeen käyttää joella höyrylaivoja.[4]
Yukonin valuma-alueelle alkoi 1880-luvun puolivälissä tulla malminetsijöitä ja -kaivajia. KunBonanza Creekiltä löydettiin kultaa 1896, alkoiKlondiken kultaryntäys. Vaikka merkittävimmät kaivaukset sijaitsivat Yukonin sivujoilla, ryntäys muutti jokivartta ja toi sinne lisää höyrylaivaliikennettä. Peräsiipiratasalukset jatkoivat liikennöintiä sen jälkeenkin, kun Dawson Cityn väkiluku oli pienentynyt kultaryntäyksen loputtua.[4] Vesiliikenteen korvasi 1950-luvulla tie- ja autoliikenne.[2]
Whitehorsesta tuli 1953 Yukonin pääkaupunki. Pian sen jälkeen alettiin rakentaa White Horsen koskeen patoa, joka valmistui 1958.[4]
