Ruuthin vanhemmat olivat kauppalaivuri Johan Ruuth ja Edla Charlotta Hahnsson. Hän pääsi ylioppilaaksi Vaasan kymnaasista 1872 ja valmistuiHelsingin yliopistosta filosofian kandidaatiksi 1876 ja lisensiaatiksi 1882. Ruuth oli aluksi opettajana Porissa, Helsingissä ja Viipurissa kunnes hän vuonna 1885 meni ensintilastollisen päätoimiston ja sitten Suomenvaltionarkistonaktuaariksi. Hän oli Valtionarkistonarkkivaari vuodesta 1905 javaltionarkistonhoitaja vuosina 1917–1926. Hän julkaisi paikallishistorioita, muun muassa Turun, Porin, ja Viipurin kaupunkien historiat. Hän toimi Maailmanhistoria-julkaisun päätoimittajana 1912–1922.[2] Hän sai professorin arvonimen 1921.[1] Ruuthin ja hänen vaimonsa Hiljan, o.s. Tolpo, poika oli aktivisti, tutkija ja suomalaisuuden teoreetikkoYrjö Ruuth, myöhemmin Ruutu.[3][4]
Tutkimuksia Suomen ja Hansan välisistä suhteista ennen vuotta 1435 : akatemiallinen väitöskirja. Helsinki 1882
Suomen rälssimiesten sineteistä lopulla 1500-lukua ja alussa 1600-lukua. Historiallinen arkisto 11. Suomen historiallinen seura, Helsinki 1891
1500-luvun maakirjoissa mainituista "flöte-veroista". Historiallinen arkisto 12, 1. Suomen historiallinen seura, Helsinki 1892
Ranskan historia. Kansanvalistus-seuran historiallisia lukukirjoja 1. Helsinki 1892-1893
Björneborgs stads historia. Björneborgs stad, Björneborg 1897, suomeksi nimelläPorin kaupungin historia. Porin kaupunki, Pori 1899
Satakunnan asutusoloista keskiajalla. Historiallinen arkisto 15. Suomalaisen Kirjallisuuden Seura, Helsinki 1897
Viborgs stads historia. Första bandet. Viborgs stad, Viborg 1906, suomeksi nimelläWiipurin kaupungin historia. Ensimmäinen nidos. Wiipurin kaupunki, Wiipuri 1908
Viborgs stads historia. Andra bandet. Viborgs stad, Viborg 1906, suomeksi nimelläWiipurin kaupungin historia. Toinen nidos. Wiipurin kaupunki, Wiipuri 1908
Åbo stads historia under medeltiden och 1500-talet. Första häftet. Helsingfors 1909
Paavi Innocentio III:en "Ex tuarum"-kirjeestä 30 p:ltä lokak. 1209 : saiko Lundin arkkipiispa Andreas Sunenpoika tämän kirjeen Pohjoismaiden primaksena ja paavillisena legaattina vaiko suorastaan arkkipiispana?. Historiallinen arkisto 22, 1. Suomen historiallinen seura, Helsinki 1911
Åbo stads historia under medeltiden och 1500-talet. Andra häftet. Helsingfors 1912
Åbo stads historia under medeltiden och 1500-talet. Tredje häftet. Helsingfors 1916
Muutamista humanistisen ajan ilmauksista ja eräästä sen oppineisuuden edustajasta (Henrik Hannunpoika) Suomessa 1500-luvulla : esitelmä Suomen historiallisen seuran vuosikokouksessa 9 p. marrask. 1919. Historiallinen arkisto 29. Suomen historiallinen seura, Helsinki 1921
Åbo stads historia under medeltiden och 1500-talet. Fjärde häftet. Helsingfors 1923
Tanskalaisten annaalien merkintä Suomen retkestä v. 1191, annaalitutkimuksen kannalta valaistuna. Historiallinen arkisto 34. Suomen historiallinen seura, Helsinki 1925
Viipurin kaupungin historia. I, Vuoteen 1617. Viipuri 1931
Porin kaupungin historia 1558-1809 teoksessa Porin historia ; uuden suomenkielisen laitoksen toim.Mauno Jokipii. Porin kaupunki, Pori 1958
Viipurin kaupungin historia. 1. osa, Vuoteen 1617 ; kirj. J. W. Ruuth ja uud.Ragnar Rosén ym. Torkkelin säätiö, Helsinki 1982
Viipurin kaupungin historia. 2, Vuodet 1617-1710 ; kirj. J. W. Ruuth ja uud.Aimo Halila. Torkkelin säätiö, Helsinki 1974
Viipurin kaupungin historia. 3, Vuodet 1710-1812 ; kirj. J.W. Ruuth ja uud.Erkki Kuujo. Torkkelin säätiö, Helsinki 1975
Viipurin kaupungin historia. 4. osa, Vuodet 1812-1917 ; kirj. J.W. Ruuth ja uud. Erkki Kuujo, Aimo Halila ym. Torkkelin säätiö, Helsinki 1981
Maailman historia 1 : Vanha-aika : Rooman tasavallan loppuun v:een 30 e. Kr ; toimituskunta J. W. Ruuth ym. Tietosanakirja, Helsinki 1914
Maailman historia 2, Vanha- ja keskiaika : Rooman keisarikunnan alusta ristiretkiin : 30 e. Kr.-noin 1100 j. Kr ; toimituskunta J. W. Ruuth ym. Tietosanakirja, Porvoo 1917
Maailman historia 3, Keskiaika : Ristiretkistä Uskonpuhdistukseen noin 1100-noin 1500 ; toimituskunta J. W. Ruuth ym. Tietosanakirja, Porvoo 1920-1921
Maailman historia 4, Uusi-aika : uskonpuhdistuksen aikakausi 1500-1650 ; toimituskunta J. W. Ruuth ym. Tietosanakirja, Helsinki 1914
Maailman historia 5, Uusi aika : itsevaltiuden ajan alusta Napoleonin kukistumiseen 1650-1815 ; toimituskunta J. W. Ruuth ym. Tietosanakirja, Porvoo 1917
Maailman historia. 6, Uusi aika : Valtiomuoto- ja kansallistaistelujen sekä maailmanvaltapolitiikan aika 1815-1919 ; toimituskunta J. W. Ruuth ym. Tietosanakirja, Porvoo 1917-1922
Asiakirjoja, jotka valaisevat Kemin ja Iin kruunun-kalastusten yleisiä oikeuden-suhteita ; koonnutAnders Johan Malmgren ; suom. J. W. Ruuth. Helsinki 1888
Soikkanen, Timo: Yrjö Ruutu: näkijä ja tekijä: itsenäisyyden, eheyttämisen ja uuden ulkopolitiikan juurilla. Helsinki: WSOY, 1991. ISBN 951-017306-1(suomeksi)
