Desiderius teki monia tärkeitä palveluita paaviPyhä Gregorius VII:lle, joka kuolinvuoteellaan nimesiEtelä-Italian kardinaaleille Desideriuksen varteenotettavimmaksi seuraajakseen. Hänet valittiin 24. huhtikuuta 1086, mutta oli aidosti vastahakoinen hänelle osoitettua kunniaa kohtaan. Pitkälle venyneen paaviksi vihkimisen jälkeen, joka tapahtui vasta 9. toukokuuta 1087, hän vetäytyi välittömästi Monte Cassinoon.Toscanan kreivitärMatilda houkutteli hänet takaisinRoomaan, mutta oleskelu siellä jäi lyhytaikaiseksivastapaaviKlemens III ja hänen voimakkaiden kannattajiensa takia. Elokuussa hän pitiBeneventossa kirkolliskokouksen, jossa Klemens III julistettiinpannaan, maallikoideninvestituura kiellettiin ja sotaAfrikassa oleviasaraseeneja vastaan julistettiin. Kirkolliskokouksen aikana Victor sairastui ja vetäytyi Monte Cassinoon, jossa hän kuoli syyskuun 16. päivä.
Jussi Hanska: Kristuksen sijaiset maan päällä? (Paaviuden historiaa apostoli Paavalista Johannes Paavali toiseen) Suomalaisen Kirjallisuuden Seura, Vammala 2005. ISBN 951-746-719-2
