Paavali III kutsui vuonna 1545 koolleTrenton kirkolliskokouksen. Kirkolliskokous kutsuttiin koolle protestanttisen reformaation eliuskonpuhdistuksen vastareaktiona. Kokouksen tarkoituksena oli vahvistaa katolisen kirkon oppia ja rakenteita.
Alessandro Farnese syntyi viisilapsiseen perheeseen, hänen isänsä oli Pier Luigi Farnese ja äitinsä Giovannella Caetani. Hän oli avioliitossa Silvia Ruffinin kanssa ja heillä oli neljä lasta.
Hän sai vuonna 1493 kardinaalin arvon. Kesäkuussa 1519 hänet vihittiin papiksi ja hänestä tuli piispa 2. heinäkuuta 1519. Hän osallistui kuuteenkonklaaviin vuosina 1503–1534.
Vuoden 1534 konklaavi alkoi11. lokakuuta ja päättyi 13. lokakuuta. Konklaavissa valittiin seuraaja kuolleelleKlemens VII:lle. Konklaaviin osallistui 33 kardinaalia. Alessandro Farnese valittiin 13. lokakuuta uudeksi paaviksi ja vihittiin3. marraskuuta.[2]
Paavali III antoikardinaalikollegion uusille kardinaaleille Gasparo Contarinille jaPietro Carafalle tehtäväksi laatia mietinnön katolisen kirkon sisäisestä tilasta. Kriittinen mietintö, jossa arvosteltiin korkeiden virkojen henkilövalintoja, luostarilaitoksen tilaa ja paavin legaattien vallan itsekästä väärinkäyttöä, valmistui helmikuussa 1537, ja paavi hyväksyi sen kuurian sisäpolitiikan ohjeeksi.[3] Paavali III myös vahvistijesuiittaveljestön säännöt ja asetti vuonna 1542inkvisitiotuomioistuimen uskonpuhdistuksen vastustamiseksi.[4] Hän oli hyväksynyt inkvisition perustamisen Portugaliin jo vuonna 1536.[5]
Jussi Hanska: Kristuksen sijaiset maan päällä? (Paaviuden historiaa apostoli Paavalista Johannes Paavali toiseen) Suomalaisen Kirjallisuuden Seura, Vammala 2005. ISBN 951-746-719-2