Melilla onfoinikialaisten perustama.[4] Espanjalaiset valtasivat kaupungin1497 ja ovat hallinneet sitä siitä lähtien. Kaupunki on kuitenkin joutunut useaan otteeseen historiansa aikanaRif-vuorten heimoarmeijoiden ja Marokon sulttaanien hyökkäysten kohteeksi. Vasta1780 solmitussa Aranjuezin sopimuksessa Marokko hyväksyi Espanjan herruuden Melillassa.
Espanjan sisällissodan alussa1936 Melilla oli ensimmäinen kaupunki, jossa oikeisto nousi kapinaan hallitusta vastaan.
Maaliskuussa1983 Marokko julistiCeutan ja Melillan saartoon. Taloudellinen yhteistyösopimus Marokon ja Espanjan välillä1988 paransi kuitenkin suhteita.
Vuonna 1998 espanjalaiset rakensivat kaupungin ympärille 20 kilometriä pitkänraja-aidan estämään laitonta maahanmuuttoa.[7]
Vuonna 2019 kaupungin asukkaistamuslimeja oli lähes 45 000, mikä tarkoittaa noin 52 prosenttia väkiluvusta. Suurin osa heistä on kansalaisuudeltaan espanjalaisia.[8]
Melillalla onlentoasema (IATA:MLN,OACI:GEML), josta lähtee lentoja muualle Espanjaan. Manner-Espanjaan on myös laivayhteys. Marokon puolelle pääsee rajanylityspaikkojen kautta.