Mott syntyi Livingston Manorissa Sullivan Countyssa, New Yorkissa, hän muutti perheensä mukana jo syntymävuotensa syyskuussaPostvilleen, joka sijaitseeIowassa. Hän opiskeliUpper Iowa Universityssa historia pääaineenaan. Hän voitti myös yliopistonsa väittelykilpailun. Suoritettuaan perustutkinnon hän jatkoi 1888 opiskeluaCornellin yliopistossa. Vuonna 1891 hän avioitui Leila Ada Whiten kanssa, ja heille syntyi kaksi tytärtä ja kaksi poikaa.
Vuodet 1895–1920 Mott työskenteli WSCF:n pääsihteerinä. Mott, joka oli myös amerikkalainen metodistikirkon maallikkosaarnaaja, johti vuonna 1910 puhetta Maailman lähetystyökonferenssissa, joka oli uudenaikaisen protestanttisen lähetystyön ja uudenaikaisen protestanttisen ekumeenisen liikkeen alkupiste.
Mott toimi WSCF:n puheenjohtaja 1920–1928. Tässä tehtävässä hänen toimintakenttinään olivat lähetystyö, ekumenia sekä rauhatyö. WSCF:n suomalainen jäsenjärjestö onSuomen Kristillinen Ylioppilasliitto, SKY. Jotkut historioitsijat ovat pitäneet häntä omana aikanaan eniten matkustaneena ja yleismaailmallisesti hyväksytyimpänä kristittynä[1].
