Jaakko peri kruunun alle seitsemän vuoden vanhana, joten maata hallitsivat todellisuudessa useat sijaishallitsijat. Hänen isänsä salamurhattiin Walter Stuartin valtaannousuyrityksessä, mutta vallankaappausta yrittäneet vangittiin ja teloitettiin. Vuosina 1437–1439Douglasin jaarli, Archibald, huolehti hallinnosta. Hänen kuolemansa jälkeen valta jaettiinWilliam Crichtonin,Sir Alexander Livingstonin jalordikanslerin kesken, sillä maassa oli pulaa tarpeeksi korkea-arvoisista jaarleista ottamaan yksin vastuuta kuningaskunnasta. Douglasin jaarlin valtaa haluttiin hajottaa, ja edesmenneen Archibaldin kaksi poikaa teloitettiin. Douglasin jaarlin arvonimi ja valta-asema siirtyivät James Douglasille. Hän kuitenkin kuoli pian tämän jälkeen ja hänen pojastaan Williamista tuli kahdeksas Douglasin jaarli, ja valta alkoi keskittyä tälle.
Vuonna 1449 nuori kuningas Jaakko II astui valtaan, mutta Douglasin jaarli ja William Crichton jatkoivat valtapeliään maan johdossa, eikä Jaakon annettu hallita ilman heitä. Kuningas ei kuitenkaan suostunut tähän ja kamppaili vuosina 1451–1455 päästäkseen eroon erityisesti Douglaseista. Lopulta Jaakko syytti jaarlia juonittelusta ja surmasi tämän. Vuodet 1452–1455 maa oli sisällissodan kaltaisessa tilassa, kun Jaakko yritti murentaa loputkin Douglasien laajalle levittäytyneestä vallasta. Toukokuussa 1455 Jaakko kuitenkin kukisti vastustajansa lopullisestiArkinholmin taistelussa. Kruunu otti Douglaseille kuuluneet alueet haltuunsa ja ajoi jaarlin maanpakoonEnglantiin.
Jaakolla oli vihdoinkin vapaus hallita parhaaksi katsomallaan tavalla. On väitetty, ettei yksikään Skotlannin kuningas hänen jälkeensä kohdannut yhtä suurta valtaistuimen uhkaajaa. Uhan kukistamisen myötä kuninkaan rooli maan johdossa lujittui. Kuolemaansa saakka Jaakko oli aktiivinen kuningaskunnan hallitsija. Hän yritti valloittaaOrkneysaaret,Shetlandinsaaret jaMansaaren, muttei onnistunut pyrkimyksissään. Hän matkusti ympäri Skotlantia ja keksi keinon ansaita rahaa armahtamalla vakavista rikoksista. Vuonna 1458 häntä kritisoitiin kuninkaana, muttei voida olla varmoja kuinka kuningaskunta olisi kehittynyt, jos hän olisi elänyt ja hallinnut kauemmin.
Jaakon pyrkimys oli lujittaa Skotlannin asemaa, ja vuonna 1460 hän päätti, että alueen viimeinenEnglannin hallussa oleva linna olisi vallattava. 3. elokuuta yksi Skotlannin tykeistä kuitenkin räjähti surmaten kuninkaan. Skotlantilaiset jatkoivat hyökkäystä ja valtasivat onnistuneestiRoxburghin linnan.
