Edo-kaudella Isahaya kehittyiNabeshima-klaanin hallinnassa linnanaluskaupunkina ja liikenteen solmukohtana. Nykyisin aiemman linnan paikalla onIsahayan puisto, jonka vuonna 1839 rakennettu kivisiltaMeganebashi on otettu Japanintärkeän kulttuuriomaisuuden luetteloon. Kaupunkioikeudet Isahayalle myönnettiin vuonna 1940, ja myöhemmin se on kehittynyt viereisenNagasakin suurkaupungin nukkumalähiönä. AriakenmerenIsahayanlahdella aloitettiin vuonna 1987 suurimittakaavainen maantäyttöhanke. Kaupunki laajeni huomattavasti vuonna 2005, kun siihen liitettiin viisi ympäristön maaseutukaupunkia:Iimori,Konagai,Moriyama,Takaki jaTarami.[1][3]