Hänen oikea nimensä oliLotario de' Conti ja hän oli Segnin kreivi Trasimondo Contin ja Clarician poika, joka kuului ylhäiseen roomalaiseen Scottin sukuun.
PaaviAleksanteri III:n kuoleman jälkeen hän palasi Roomaan ja toimi kirkon viroissa paaviLucius III:n,Urbanus III:n jaGregorius VIII:n lyhyiden kausien aikana kohoten kardinaali-diakoniksi vuonna 1190. PaaviCelestinus III:n kaudella (1191–1198) hän lähti Roomasta synnyinseudulleen Anagniin, koska Celestinus III kuului Segnin suvun vihollisiin, Orsinin sukuun.
Paavi Celestinuksen kuoltua 8. tammikuuta 1198 Lotario de' Conti valittiin 37-vuotiaana vielä samana päivänä paaviksi ja hän otti nimen Innocentius III. Keisarin valtaistuin oli yhä tyhjäHenrik VI:n kuoltua vuonna 1197. Innocentius käytti valtatyhjiötä hyväkseen vähentääkseenSaksan vaikutusta Italiassa. Ensin hän palautti paavin maallisen vallan Roomassa ja Rooman prefekti, keisarin edustaja kaupungin hallitsijana, vannoi uskollisuutta Innocentiukselle. Vielä nykyäänkin Innocentius III:ta pidetään koko keskiajan ja joidenkin mielestä kaikkien aikojen mahtavimpana paavina.[2] Hänellä oli korkea käsitys asemastaan ja tehtävästään.[2] Paaviksi tultuaan hän julisti Rooman kaupungin asukkaille:
»Minut on asetettu Jumalan huoneen herraksi. Minulle on sanottu profeetan kautta: "Minä asetan sinut tänä päivänä kansojen ja valtakuntien yläpuolelle." Minusta kirjoittaa apostoli: "Minä annan sinulle taivasten valtakunnan avaimet." Palvelija, joka on asetettu koko talon herraksi, on Kristuksen sijainen: hänet on asetettu Jumalan ja ihmisen välille, hän onpienempi Jumalaa, mutta suurempi ihmistä» (Paavi Innocentius III roomalaisille pitämässään puheessa)
Uusi paavi tulkitsi olevansa suoraan Kristuksen sijainen ja näin ollen kuninkaita korkeampi ja oikeutettu käskemään kaikkia. Noustessaan johtamaan katolista kirkkoa Innocentius III sai käskettäväkseen keskiajan tehokkaimman organisaation. Kirkko muistutti enemmän valtiota kuin uskonnollista nykyaikaista kirkkoa; sillä oli omat lakinsa, lainsäätäjänsä, tuomioistuimensa, lakimiehensä, vankilansa sekä Euroopan parhaiten järjestetty ja tehokkain hallintokoneisto. Innocentius III oli koko Euroopan johtaja, koskaPyhän saksalais-roomalaisen keisarikunnan keisarin kuoltua hänellä ei ollut ainuttakaan tarpeeksi vaikutusvaltaista kilpailijaa. Paavin poliittisia neuvoja noudatettiin niin Ranskassa, Englannissa, Tanskassa, Unkarissa kuin myös Böömissä.[2]
Innocentius III:n kuoleman jälkeen hänen ruumiinsa oli esilläPerugian katedraalissa. Tähän liittyy aikalaiskertomus kardinaali Jacques de Vitryltä, jonka mukaan hänen päällään olleet arvokkaat vaatteet ryöstettiin ja asia huomattiin vasta seuraavana aamuna, kun edistyneessä mätänemistilassa ollut ruumis löydettiin lähes alastomana.[4]
Hän on kirjoittanut teoksenDe contemptu mundi, (suom. Maailman halveksunnasta.)[4]
Jussi Hanska: Kristuksen sijaiset maan päällä? Paaviuden historiaa apostoli Paavalista Johannes Paavali toiseen. Helsinki: Suomalaisen Kirjallisuuden Seura, 2005. ISBN 951-746-719-2
Simo Heininen: Ihmistä suurempi: paaviuden historia. Edita, 2004. ISBN 951-37-4184-2