Histidiinin sivuketjunimidatsoli-renkaan happoparinhappovakio on 6,04 ja histidiininisoelektrinen piste on 7,64[1], minkä takia lieväkin happamuus muuttaa histidiinin varauksen neutraalista positiiviseksi. Tämän takia se on monienmetalloproteiinienligandi ja se sijaitsee useiden entsyymienkatalyyttisessä keskuksessa. Histidiinilla on kaksienantiomeeria eli peilikuvaisomeeria, jotka ovat L-histidiini ja D-histidiini. L-histidiininCAS-numero on 71-00-1 ja D-histidiinin CAS-numero on 351-50-8.
Jotta yhdiste olisi aromaattinen, on siinä oltava tasomainen rengas, jonka atomeilla on yhteensä p-orbitaaleillaan pariton määrä elektronipareja, jotta delokalisaatio tapahtuisi koko renkaan alueella. Jokaisen atomin on oltava sp2- tai sp-hybridisoitunut ainakin jossain resonanssikontribuuttorissa.
Histidiinin sivuketju on aromaattinen, vaikkei sisälläkään fenyyliryhmää, sillä sen sivuketjun heterosyklisen renkaan toisen typen vapaa elektronipari on p-orbitaalilla (toisen taas sp2-orbitaalilla) – täten p-orbitaaleilla sijaitsevia elektronipareja on renkaassa yhteensä kolme kappaletta eli pariton määrä, mikä on Hückelin säännön mukainen vaatimus aromaattisuudelle.
Kuva histidiinistä ja selitys sen aromaattisuudesta näkyy alhaalla.
