Fischer opiskeli lääketiedettä sekä kemiaa ensinLausannen yliopistossa ja myöhemminMarburgissa. Hän valmistui vuonna 1904, ja vuonna 1908 hänestä tuli lääketieteen tohtori.
Aluksi Fischer työskenteli Münchenissä, josta siirtyi opiskelemaanEmil Fischerin johdolla kemiaa. Myöhemmin hän opetti lääketiedettä ja fysiologiaa Münchenissä. Vuonna 1916 hän siirtyiInnsbruckin yliopistoon lääketieteellisen kemian professoriksi. Innsbruckista hän siirtyi Wieniin 1918. Vuodesta 1921 aina kuolemaansa saakka hän toimi orgaanisen kemian professorina Münchenin Technische Hochschulessa.
Fischerin tärkeimmät tieteelliset työt koskivatveren jasapen pigmenttejä, lehtivihreää sekäpyrrolia, yhdistettä, joka on näiden pigmenttien pohjana.
Fischer meni naimisiin Wiltrud Haufen kanssa vuonna 1935. Fischer teki itsemurhan 31. maaliskuuta 1945, kun hänen työnsä ja instituuttinsa tuhoutuivat Münchenissä toisen maailmansodan viimeisinä päivinä.