Gregorius IX kuului vaikutusvaltaiseen soturisukuun.[2] Hän seurasi tarkkaan edeltäjänsäHonorius III:n ja enonsaInnocentius III:n luomaa perinnettä paavin ylivallan pönkittämisessä. Hän muistutti enoansa myös siinä, että molemmilla oli lainopillinen koulutus ja diplomaattista kokemusta.
Gregorius kävi edeltäjänsä tavoinSisilian jaSaksan hallitsijanFredrik II:n kimppuun, julisti tämän harhaoppiseksi ja valtasi Kirkkovaltion sotajoukkojen ja kapinallisen Lombardian liittokunnan avulla ristiretkellä olleen Fredrikin napolilaiset alueet. Kesällä 1229 Fredrik II palasi odottamatta Italiaan, mikä riitti hajottamaan paavia tukeneet sotajoukot. Vuonna 1230 Gregorius joutui neuvottelujen jälkeen perumaan Fredrikille julistamansapannan, mutta Sisiliassa takavarikoidut kirkon tilukset Fredrikin täytyi vastineeksi palauttaa. Lisäksi Sisilian papisto vapautettiin samalla sekä maallisten tuomioistuinten alaisuudesta että verovelvollisuudesta kuninkaalle.Lombardiassa puhkesi vuonna 1236 aseellinen taistelu sekä Fredrik II:n ja hänen kapinallisten alaistensa välillä että keisarin italialaisten kannattajien ja vastustajien välillä. Gregorius IX julisti Fredrik II:n uudelleen pannaan vuonna 1239 sen jälkeen, kun oli ottanut uudelleen keisarinvastaisen Lombardian liittokunnan johtoonsa. Gregorius oli jo aikeissa julistaa sodan, kun kuolema keskeytti vihamielisyydet vuonna 1241.[2]Innocentius IV jatkoi Frederikin vainoamista. Gregorius oli kuollessaan varsin iäkäs, noin 95-vuotias.
Hanska, Jussi: Kristuksen sijaiset maan päällä? (Paaviuden historiaa apostoli Paavalista Johannes Paavali toiseen) Vammala: Suomalaisen Kirjallisuuden Seura, 2005. ISBN 951-746-719-2
