Honecker syntyiNeunkirchenissä,Saarlandissa. Hänen isänsä oli poliittisesti aktiivinen hiilikaivostyöläinen. Honecker liittyi Saksan kommunistipuolueen nuorisojärjestöön (Jugendverband) vuonna 1926 japuolueeseen 1929 ja meni samana vuonnaMoskovaan opiskelemaankansainväliseen Lenin-kouluun. Hän palasi Saksaan 1931, muttanatsien noustessa valtaan Honecker pidätettiin 1935. Vuonna 1937 hänet tuomittiinkommunistisesta aktiivisuudesta kymmeneksi vuodeksipakkotyöhön ja pidettiin vangittuna sodan loppuun saakka.[1]
Sodan jälkeen Honecker liittyiWalter Ulbrichtin johtamiin kommunistiaktivisteihin. Vuonna 1946 hän oliSaksan sosialistisen yhtenäisyyspuolueen ensimmäisiä jäseniä. Suuren vaalivoiton jälkeen lokakuussa 1946 hän liittyi lyhytaikaiseen parlamenttiin. Saksan demokraattisen tasavallan perustaminen 7. lokakuuta 1949 antoi hänelle varajäsenen paikan keskuskomiteassa 1950 ja täysjäsenyyden 1958.
Vuonna 1961 Honecker oli yksi merkittävimmistä vastuullisista henkilöistäBerliinin muurin pystyttämisessä. Vuonna 1971 hän aloitti kamppailun poliittisesta vallasta, mikä johti Neuvostoliiton tuella hänen valtaannousuunsa jaWalter Ulbrichtin syrjäyttämiseen. Tuolloin hänestä tuli SED:n keskuskomitean ensimmäinen sihteeri, ja vuodesta 1976 alkaen hän oli SED:n pääsihteeri. Vuodesta 1975 alkaen hän oli myös DDR:n valtioneuvoston puheenjohtaja.[1]
Honecker itse kuvasi politiikkaansa "talous- ja sosiaalipolitiikan yhtenäisyyden politiikaksi". Ulbricht puolestaan oli pitänyt talouspolitiikkaa keskeisenä. Sisäpoliittisesti Honeckerin alkukautta leimasi liberalisoituminen erityisesti kulttuurin ja taiteen alalla.
Honeckerin kaudella DDR:n ja Saksan liittotasavallan suhteet järjestettiin sopimuksin. Lisäksi DDR osallistuiHelsingin ETY-kokoukseen ja hyväksyttiin jäseneksiYhdistyneisiin kansakuntiin. Näitä pidetään Honeckerin merkittävimpinä ulkopoliittisina saavutuksina.
Vuonna 1981 Honeckerin väitetään selvinneen täpärästimurhayrityksestä.[2] Honeckerillä oli lisäksi salainenbunkkeri noin 40 kilometriä Berliinistä pohjoiseen. Bunkkerin rakentaminen aloitettiin 1978 ja rakennustyöt kestivät viisi vuotta. Bunkkerin oli tarkoitus kestää mm.ydinaseisku. Tieto bunkkerista tuli julkisuuteen elokuussa 2008. Honeckerin kerrotaan käyneen rakennelmassa henkilökohtaisesti vain yhden ainoan kerran.[3]
Mihail Gorbatšovin aloittaessa uudistuksiaan 1980-luvulla Honecker pysyi kovan linjan kommunistina. Kansannousu johti hänen eroonsa 18. lokakuuta 1989, ja hänet korvasi lyhytaikaisesti DDR:n johtajanaEgon Krenz.
Vuosina 1989–1993 Honecker vältti syytteetkylmän sodan aikaisista rikoksista, etenkin 192 kuolemasta Berliinin muurilla. Hän vietti tämän ajan neuvostojoukkojen sairaalassa Berliinin lähellä ennen siirtymistään Moskovaan. Neuvostoliiton romahdettua Honecker palautettiin 1992 Saksaan.
Honecker tuotiin oikeuden eteen vuonna 1993, mutta hänet vapautettiin terveydentilan vuoksi.[1] Hän muuttiChileen, jossa hän kuolimaksasyöpään 29. toukokuuta 1994.