Tämän artikkelin tai sen osan paikkansapitävyys onkyseenalaistettu. Voit auttaa varmistamaan, että kyseenalaistetut väittämät ovatluotettavasti lähteistettyjä. Lisää tietoa saattaa ollakeskustelusivulla. Tarkennus:Artikkelin sisällön merkitys on joissain kohdissa muuttunut käännöksessä (esim. Human Genome Project ei valmistunut 1999) |
Tämän artikkelin tai sen osankieliasua on pyydetty parannettavaksi. Voit auttaa Wikipediaaparantamalla artikkelin kieliasua. Tarkennus:sanajärjestys |
Ensembl onEuroopan bioinformatiikan instituutin jaSanger-instituutin yhteenliittymä, joka on perustettu vuonna 1999Human Genome Projectin valmistuttua. Ensemblin tehtävä on tarjota keskitetty tietolähdegenetiikan,molekyylibiologian ja muiden selkärankaistengenomeja tutkivien tutkijoiden käyttöön.
Ensemblin kanssa vastaaviabiologisia tietokantoja onNCBI:llä jaKalifornian yliopistolla.
Ihmisen genomi sisältää kolme miljoonaaemäsparia, jotka ovat koodattu 20 000–25 000geeniin. Pelkällä genomilla on vain vähän käyttöä, mikäligeenien sijaintia ja keskenäisiä vuorovaikutuksia ei kyetä tunnistamaan. Yhtenä vaihtoehtona on käsityönä tehtävä geenien selvittäminen. Tässä tavassa joukko tutkijoita yrittää paikallistaa geenejä hyödyntäen tutkimustyössä syntynyttä dataa ja julkisia tietokantoja. Tämä on hidas tapa. Toinen tapa on automaattinen tiedonetsintä, jossa käytetään tietokoneiden laskentatehoasekvenssien laskemiseen.
Ensembl-projektissa sekvenssidata on purettu muistiinpanosysteemiin (kokoelmaan ohjelmaputkia, jotka on kirjoitettuPerlillä), joka tekee tunnettujen geenien sijainnista tietokannan ja tallentaa neMySQL-tietokantaan tulevaa analysointia ja käyttöä varten. Ensembl tekee datasta vapaasti saatavaa tutkijoiden käyttöön. Kaikki Ensemblin tuottama data ja ohjelmakoodi on ladattavissa ja käyttäjille on olemassa myös julkinen tietokantapalvelin. Ensemblin nettisivusto tarjoaa myös visuaalisia näkymiä kerättyyn dataan.
Ajan kanssa projekti on laajentunut kattamaan keskeisiä tutkimustyössä käytettäviä eläimiä kutenhiiriä,banaanikärpäsiä jaseeprakaloja. Näiden lisäksi on laajempi kirjo genomin dataa kuten geenien muuntelua ja muita ominaisuuksia. Huhtikuusta 2009 lähtien sisarprojektiEnsembl Genomes on laajentanut tutkimuksia koskemaankasveja,sieniä,bakteereja jaalkueliöitä alkuperäisen projektin keskittyessä selkärankaisiin.