فرگشت مولکولی بخشی از فرایندفرگشت است که در مقیاسدی.ان. ای، بر گردان دی انای (DNA) است.آر.ان. ای بر گردان آرانای (RNA) است. وپروتئین روی میدهد. در سالهای حدود ۱۹۶۰ میلادی، فرگشت مولکولی به عنوان یک رشته علمی در بین محققانزیستشناسی مولکولی،زیستشناسی فرگشتی وژنتیک جمعیت، به دنبال درک ساختار و عملکرداسیدهای نوکلئیک و پروتئینها گسترش پیدا کرد.