شبه جزیره مالایی مدت زیادی است که از یک جایگاه مهم (مرکزی) در مسیرهای تجاری بین چین وخاورمیانه برخوردار بودهاست که نشان دهنده نقشه اولیه آن عنوانی آن به صورت ""شبه جزیره طلائی ""، تنگههای ملاکا به عنوان «خلیج ساباریکوس» ترجمه شدهاست.
اولین پادشاهی مالزی که بر بندرهای شهرهای ساحلی حکومت میکرد در قرن ۱۰ میلادی تشکیل شد. این پادشاهی شامل لنگ کاسوکا، لمبابوجانگ، کداه، برآس، گانگانگارا در پراک و پان پان در کلانتن میباشند. تصور بر این است که آنها در گذشته کشورهای هندی یا بودائی بودهاند.
اولین مدرک مبنی بر وجود اسلام در شبه جزیره مالایی به قرن ۱۴ میلادی درترنگانو برمی گردد، اما طبق گاهنامه،[۱] سلاطین کداه، مهاراجا دربار راجا (۱۱۷۹-۱۱۳۶ میلادی) در قرن ۹ به اسلام روی آورد و نام خود را به مظفرشاه تغییر داد و از آن تاریخ به بعد ۲۷ سلطان بر کداه حکومت نمودند.

حکومتهای متعدد مالایی در قرون دوم و سوم میلادی وجود داشتهاند که براساس منابع چینی بالغ بر ۳۰ عدد هستند. کداه که به عنوان کدارام یا کاتاها در زبان قدیمی پالاوا یا سانسکریت شناخته شدهاست بهطور مستقیم بر سر راه حملات به تجار و پادشاهان هندی قرار داشتهاست. راجندرا کولا که تصور میشود کوتا گلانگی را از حکومت کنار زده، کداه را در سال۱۰۲۵ آرام نمود اما جانشین وی، ویر راجندرا کولا، مجبور شد تا شورش کداه را برای غلبه بر مهاجمان سرکوب کند. پادشاه بودائی لیگور پس از مدت کوتاهی کنترل کداه را به دست گرفت و شاه چاندرابهانو از این موضوع به عنوان مبنایی برای حمله به سریلانکا در قرن ۱۱م استفاده نمود، واقعهای که بر روی سنگ نوشتههای موجود در ناگاپاتینوم درتامیل نادو و حماسه سریلانکایی ماهاواسما ثبت شدهاست. طی هزاره اول، مردم شبه جزیره مالایی، بههندوئیسم وبودائیسم روی آورند و از زبانسانسکریت استفاده کردند تا این که به اسلام ایمان آوردند.
آثاری از تأثیرات آنها در اعتقادات سیاسی، ساختار فرهنگی، آداب و رسوم، زبان، هنر و فعالیتهای فرهنگی آن هنوز قابل مشاهدهاست. گزارشهایی در مورد نواحی قدیمی تر از کداه موجود است مثلاً پادشاهی باستانی گانگانگارا، در حوالی بروآس در پراک- که حتی تاریخچه مالزی را از این هم قدیمی تر میسازد وجود داشتهاست. پاتیناپیلای، یک شاعر تامیلی در قرن دوم میلادی، راجع به کالاهایی شرح میدهد که از کادارام بر روی جادههای پهن پایتخت کولا حمل میشدهاست؛ و یک درام سانسکریت متعلق به قرن هفتم میلادی، به نام[۲] بودهاست که به کداه به عنوان کاتاها- نگاری اشاره کردهاست. آگنیپورانا همچنین به یک منطقه تحت عنوان آندا-کاتاها با مرزهاییش که به قله کوه ختم شده اشاره دارد، که دانشمندان معتقدند گانونگ جرای میباشد.[۳]
در اوایل قرن ۱۵،سلطاننشین ملاکا تحت حکومت سلسله پارامسوارا، شاهزادهپالمبانگ بنیانگذاری شد که از جزایر تاناسک (سنگاپور فعلی) گریخت. پارامسوارا تصمیم گرفت حکومت خود را پس از مشاهده واقعه تکان دهنده که در آن یک گوزن سفید (ماوس) یکی از سگهای شکاری او را زخمیکرد، تأسیس نماید. او آن را به عنوان یک نشان خوشیمن فرض کرد و پادشاهی خود را «ملاکا» نامید پس از آنکه در زیر درختی در آن ناحیه به استراحت پرداخت. از آن نقطه مرتفع، سلاطین این نواحی را که هماکنون شبه جزیره مالزی، (پتانی) در تایلند جنوبی و ساحل شرقیسوماترا شناخته شدهاند، کنترل میکردند. این قلمرو تا بیش از یک قرن وجود داشت، و طی این دوره زمانی، اسلام در بیشتر نقاط مجمع الجزایر مالایی گسترش یافت. ملاکا مهمترین بندر تجاری در آن زمان درجنوب شرقی آسیا بود.
در سال۱۵۱۱ میلادی، ملاکا توسط پرتغال تصرف شد و در آنجا یک مستعمره ایجاد نمود. پسران آخرین سلطان ملاکا، دو سلطاننشین را در آن شبه جزیره تأسیس کردند-سلطاننشین پراک در شمال، وسلطاننشین جوهور در جنوب. پس از سقوط ملاکا، سه کشور برسر کنترل تنگه ملاکا با یکدیگر به جدال پرداختند: پرتغالیها (در ملاکا)، سلطاننشین جوهور، وسلطاننشین آچه. این درگیریها تا زمانی کههلند کنترل ملاکا را به دست گرفت در سال۱۶۴۱ ادامه داشت.
انگلستان اولین مستعمره درشبه جزیره مالایا را در سال۱۷۸۶، با اجاره جزیرهپنانگ، بنیانگذاری نمود.
در سال۱۸۲۴، بریتانیا در پی پیمان۱۸۲۴ انگلیس - هلند کهمجمع الجزایر مالایا را به دو بخش بریتانیایی و هلندی تقسیم کرده بود و مالایا در حوزه انگلیس قرار داشت، ملاکا را تحت کنترل خود درآورد. در سال۱۸۲۶، بریتانیا مستعمره سلطنتی مربوط به مستعمرات تنگهها را با یکی نمودن سه ملک خود پنانگ، ملاکا و سنگاپور، بنیانگذاری نمود. مستعمرات این تنگهها تا سال۱۸۶۷، هنگامی که آنها دفتر این مستعمره را به لندن منقل کردند تحت نظارت شرکت هند شرقی درکلکته اداره میشد.
طی اواخر قرن ۱۹، تعدادی از ایالات مالایی تصمیم گرفت به انگلستان در فرونشاندن درگیریهای داخلی کمک کنند. اهمیت اواخر قرن ۱۹، تعدادی از سران ایالات مالایی تصمیم گرفتند به بریتانیا در فرونشاندن درگیریهای داخلی کمک کنند. اهمیت بازرگانی استخراج معادن قلع در ایالات مالایی برای تجار در مستعمرات تنگهها سبب دخالت دولت بریتانیا در تولید قلع در ایالات شبه جزیره مالایی گشت. سیاست زور بریتانیا موجب حل مسالمت آمیز تنشهای داخلی به وجود آمده توسط خرابکاران چینی شد و پیمان پانگکور در سال۱۸۲۴ راه را برای توسعه نفوذ بریتانیا در مالایا هموار ساخت. در پایان قرن ۲۰، ایالات پاهنگ، سلانگور، پراک و نگری سمبیلان، با یکدیگر ایالات فدراتیو مالایی را تشکیل دادند (نباید با فدراسیون مالایا اشتباه شود) که تحت کنترل «رسمی»ساکنان بریتانیایی قرار داشت که برای مشاوره با حاکمان مالایی منصوب شده بودند. انگلیسیها به ظاهر «مستشار» بودند اما در واقع آنها اربابان صحنه گردان در پس حاکمان مالایایی محسوب میشدند.
پنج ایالات باقیمانده در شبه جزیره نیز، که تحت عنوان ایالات غیر فدراتیو مالایی شناخته میشدند، بهطور مستقیم تحت نظارت بریتانیا نبودند. مالاییها حضور مستشاران انگلیسی را در پایان قرن قرن بیستم پذیرفتند. از میان اینها، چهار ایالت شمالی پرلیس، کداه،کلانتان و ترنگانو از قبل تحت کنترلسیامی قرار داشتند.
ساباه در جزیره برنئو به عنوان مستعمره پادشاهی برنئوی شمالی حکومت میکرد، اماساراواک به عنوان قلمرو شخصی خانواده بروک که به صورت راجاهای سفید حکومت میکردند، از برونئی گرفته شد. بر اساس بخشی از تاریخ، منطقهسلطاننشین سولو به عنوان هدیه جهت کمک به سلطان برونئی علیه دشمنانش اعطا گردید، و از آن پس بخشی ازبورنئو به عنوان قسمتی از قلمرو سلطان سولو شناخته شد.در سال۱۸۷۸، بارون فون اووربک که یک شریک اتریشی بود در شرکت برونئوی شمالی بریتانیا حضور داشت و شریک بریتانیایی وی آلفرد دنت، منطقه معروف به «ساباه» – که ترجمه عادی آن «سرزمین تحت بادها» میشود- را اجاره نمودند. در عوض شرکت برای سلطان اسلحه تهیه مینمود تا علیه اسپانیاییها مقاومت کند و کرایه سالانه آن ۵۰۰۰ رینگیت مالزی بر اساس ارزش دلارمکزیک یا معادل طلا در آن زمان بود. این اجاره تا زمان استقلال و تشکیل فدراسیون مالزی با فدراسیون مالایایی، ساراواک و سنگاپور در۱۹۶۳ ادامه یافت. تا این روزها، اهالی مالزی به پرداخت اجارهای ۵۳۰۰ رینگیت مالزی- که ۳۰۰ رینگیت از اجاره اولیه بیشتر بود، ادامه دادهاند.
در پی تصرف مالزی از سویژاپنیها در (۱۹۴۵-۱۹۴۲) طی جنگ جهانی دوم، حمایت عمومی از استقلال افزایش یافت. برنامههای پس از جنگ انگلیسیها برای یکپارچگی اداره مالایا تحت یک مستعمره پادشاهی واحد که اتحادیه مالایی نامیده شد با مخالفت شدید از سویمالایاییها موجه شد که مخالف تضعیف حاکمان مالایایی و اعطای شهروندی بهنژاد چینی بودند. اتحادیه مالایایی در سال۱۹۴۶ تأسیس شد و شامل تمامی املاک بریتانیادر مالایا به استثنای سنگاپور میشد، در سال۱۹۴۸ منحل گردید و با فدراسیون مالایا جایگزین شد که باعث حفظ خودمختاری حاکمان مالایایی ایالاتتحتالحمایه بریتانیا در آن میشد.
طی این زمان، شورشیان تحت رهبری حزب کمونیست مالایا عملیات چریکی خود را برای مجبور ساختن بریتانیا به خروج از مالایا انجام دادند. دوره شناخته شده اضطراری مالایا از سال۱۹۴۸ تا۱۹۶۰ طول کشید، و شامل مبارزه ضدشورش طولانی از سوی نیروهای کشورهایمشترکالمنافع در مالایا بود. در برابر این دورنما، استقلال برای فدراسیون در داخل مشترکالمنافع در۳۱ اوت۱۹۵۷ اعطا گردید.
در سال ۱۹۶۳، این فدراسیون با پذیرش مستعمرات سلطنتی جدید بریتانیا در سنگاپور، ساباه (بورنئوی شمالی بریتانیا) و ساراواک، تغییر نام داد.سلطاننشین برونئی در ابتدا نسبت به پیوستن به این فدراسیون ابراز تمایل نمود، ولی در اثر مخالفت از سوی فرقههای مشخصی از مردم و نیز مشاجرات بر سر پرداخت حقالامتیاز نفتی و جایگاه سلطان در این اتحادیه ادغامی از آن خارج شد.سالهای اولیه استقلال، مالزی با مشکلاتی در اثر درگیری با اندونزی[۴] همراه بود و سرانجام در سال۱۹۶۵ سنگاپور از مالزی جدا شد و اعلام استقلال نمود.
درگیری قومیتی به شکل واقعه۱۳ مه شورشهای نژادی در سال۱۹۶۹ رخ داد. در سال۱۷۰۴، فیلیپین بر اساس واگذاری مناطق شمال شرقی از سوی سلطاننشین برونئی بهسلطاننشین سولو، نیز یک مدعی فعال برای ساباه در آن دوره بود که این ادعا هنوز هم پابرجا است.
پس از و اقعه ۱۳می|شورشهای نژادی۱۳ مه در سال۱۹۶۹،سیاست جدید اقتصادی – افزایش سهم سود اقتصادی مورد تملک اهالی بومیپوترا[۵] در برابر دیگر گروههای نژادی در نظر گرفت- که از سوی نخستوزیر تون عبدالرازک پیاده شد. از این پس مالزی توازن نژادی – سیاسی مطلوب خود را با یک نظام حکومتی حفظ کرده که میکوشد تا توسعه فراگیر اقتصادی را با سیاستهای اقتصادی که مورد علاقه بومیپوتراها میباشد، ترکیب کند.بین دهه۱۹۸۰ و دهه۱۹۹۰، مالزی رشد چشمگیر اقتصادی را تحت رهبریدکتر مهاتیر محمد تون، تجربه کرد. این دوره به عنوان انتقال از اقتصاد مبتنی بر کشاورزی به اقتصاد سازندگی و صنعت محور در حوزههایی چون کامپیوتر و وسایل الکترونیک برای عرضه به مشتری، محسوب میشود. در طی این دوران نیز بود که منظره فیزیکی مالزی با ایجاد پروژههای کلان و متعدد تغییر یافتهاست. شمارعمدهای از این پروژهها عبارتند ازبرجهای دوقلوی پتروناس (تا این زمان بلندترین ساختمان جهان است)، فرودگاه بینالمللی،[۶] ساختمان گردان سپانگ ۱ F، ابرتونل چند رسانهای (MSC)، سد برقابی باکن و پوتراجاوا، یک مرکز جدید اداری فدرال.
در اواخر دهه۱۹۹۰، مالزی در اثر بحران مالی آسیا و نیز ناآرامی سیاسی ایجاد شده به دلیل برکناری معاون نخستوزیر داتوسری انور ابراهیم، دچار تزلزل شد. در سال۲۰۰۳، دکتر مهاتیر، پرسابقهترین نخستوزیر مالزی، به نفع معاون خود عبداله احمد بداوی، که معمولاً به نامPak Lah شناخته میشود، از حکومت کنارهگیری کرد.