Vilnia ibaitik datorkio izena hiriari, baina historian zehar, hainbat izan dira hiria izendatzeko moduak.Lituanieratik kanpo, honako izenekin ere izendatu izan da Vilnius:polonieraz, Wilno;bielorrusieraz, Вiльня (Vilnia);alemanez, Wilna;latinez, Vilna;letonieraz, Viļņa;errusieraz, Ви́льнюс (Vílnyus);yiddishez, ווילנע (Vilne).
Lituaniako hego-ekialdean dago Vilnius,Neris etaVilnia ibaien elkargunean.Itsaso Baltikotik 314 kilometrora dago hiria, eta, autobideek Lituaniako hiri nagusiekin lotzen dute:Kaunas (102 kilometro),Šiauliai (214 km) edotaPanevėžys hiriekin (135 km). Arrazoi historikoak tarteko, hiria ez dago herrialdearen erdialdean. Izan ere, nazioaren mugak mendez mende aldatuak izan dira Lituanian. Hala ere,Lituaniako Dukerri Handiaren garaian herrialdearen erdigunean zegoen Vilnius. Egun, 402 metro karratuko azalera du hiriak modu honetan banatuta: %29,1 eraikinak, %68,8 gune berdeak eta %2,1 ura.
Vilniuseko klima kontinental hezea edo Hemiboreala da Köppen klima sailkapenaren arabera. Tenperaturak 1777. urtetik hona erregistratu dira. Urteko batez besteko tenperatura 6,1 °C da; urtarrilekoa -4,9 °C, eta, uztailekoa, berriz, 17 °C. Prezipitazioari dagokionez, 661 milimetrokoa da urteko batez bestekoa.
Udak beroak izan daitezke, hogeita hamar zentigradu ingurukoak egun argiz. Hala, hiriko kaleek gau-giro aparta dute urtearen sasoi honetan. Terrazadun taberna, jatetxe edota kafetegi eskaintza handia dago.
Neguak, aldiz, hotzak dira eta tenperaturak zero azpitik 25 gradu zentigradutara ere iritsi daitezke. Negu hotzetan Vilnius inguruko lakuak izoztu ohi dira, eta litekeena da ibaiak ere izoztea. Bertakoek gustuko dute izotz artean arrantza egitea. Izotzean zulo bat egin eta arrantza egin ohi dute.
1323ko agirietan agertzen da hiriaren lehendabiziko aipamena,Gediminas Duke Handiaren gutunetan, Alemaniako zenbait hiritara bidali zirenean. Bertan, Letoniako hiriburuan bizitzen jartzeko gonbitea egiten zitzaien germaniarrei, juduei eta Aita Santu Juan XXII.ari.Senieji Trakai gaztelua izan zenLituaniako Dukerri Handiaren egoitza nagusia.
Gediminasek Lituaniako lurraldeak handitu zituen, aliantza eta ezkontza estrategikoak eginda. EgungoBielorrusia,Ukraina,Transnistria, eta,Polonia etaErrusiako zenbait lurretan hedatzen zen dukerria. Bere iloba Vytautas Handia eta Jogaila, ordea, gerra zibilean egon ziren aurrez aurre.Lituaniako Gerra Zibilaren garaian (1389 – 1392), Vytautasek hiria hartu eta setiatu zuen, Jogailari boterea kenduta.Lublingo Batasunaren ostean eratu zenPoloniar-Lituaniar Erkidegoa. Federazio honetako buruzagiek bina izendapen zituzten: Lituaniako Duke Handia edo Poloniako errege. 1387an, JogailakMagdeburg eskubideak eman zizkion hiriari.
Hiria hedapen periodo batean sartu zen. Vilniuseko harresiak 1503 eta 1522 urte bitartean eraiki ziren, hiria babesteko. Hiru dorre eta bederatzi ate zeuden hiriaren inguruan. Sigismund Augustek bertara eraman zituen gorteak, 1544an.
Almae Academia et Universitas Vilnensis Societatis Jesu (Vilniuseko unibertsitatea) sortu zuen Stefan Bathory erregeak 1579an. Unibertsitateak bilakaera azkarra izan zuen, eta inguruetako gune zientifiko eta kultural garrantzitsuenetakoan bilakatu zen. Hiriak izandako hedapenari esker, ateak ireki zitzaizkion migrazioari. Hainbat ziren bertan mintzatzen ziren hizkuntzak:Lituaniera,poloniera,ruteniera,errusiera,eslabiar zaharra,latina,germaniera,yidisera,hebreera etaturkiera. HiriaBabiloniarekin ere alderatu zen. Talde bakoitzak ekarpen bana egin zuen hiriko bizimoduan, eta erruz garatu ziren artisautza, zientzia edota merkataritza salerosketa.
XVII. mendeak atzerapauso ugari ekarri zituen, erkidegoa gerretan sartuta aritu baitzen.Errusia eta Poloniaren arteko gerra garaian (1654 – 1667), errusiarrek eta saxoniarrek Vilnius okupatu zuten. Hiria hartu eta su eman zioten, eta biztanleria erail zuten.Iparraldeko Gerra Handia bitartean, suediar armadak hiria hartu zuen. 1710eko izurrite bubonikoak 35.000 hiritar hil zituen; 1715, 1737, 1741, 1748 eta 1749ko suteek hiria oraindik eta gehiago hondatu zuten. Vilniusek ordura arteko oparotasuna galdu bazuen ere, XIX. mendean, biztanleria hazi egin zen 20.000 izatera iritsi arte. Ipar Europako hiririk handienetako bat izan zen orduan.
1795eko Poloniaren Hirugarren Zatitzearen ondoren, Errusiaren parte izatera igaro zen Vilnius. Errusiarrek hiriko harresiak eraitsi zituzten, ekialdekoa izan ezik (Aušros vartai, Medininkų vartai lituanieraz, Ostra Brama polonieraz). 1812anNapoleonek hiria hartu zuenMoskurako bidean. 1831ko Azaroko Iraultzaren ondoren unibertsitatea itxi egin zuten eta errepresioak hiriaren handitzea ekidin zuten. 1863ko Urtarrileko Iraultzan gobernuaren aurkako altxamendua egin zen baina Mikhail Muravyovek indarrez geldiarazi zuen. Iraultzaren ostean hiritarren eskubideak murriztu etalituaniera,poloniera etabielorrusieraren erabilera debekatu ziren.Errusiera izan zen baliozko hizkuntza bakarra.
Lehen Mundu Gerran alemaniarrek Vilnius okupatu zuten, 1915etik 1918ra. Lituaniak bere independentzia aldarrikatu zuen 1918ko otsailaren 16an, eta tropa alemaniarrak erretiratu ondoren, hiriko biztanleria poloniarrak defenditu zuen hiria. Handik gutxiraboltxebikeek hiria hartu zuten eta Lituaniar-Bielorrusiar Sobietar Errepublika Sozialistaren hiriburu izendatu. Apirilaren 19an armada poloniarrak hiria konkistatu zuen, baina azkenik, uztailaren 14an, sobietarrek hartu zuten berriro Vilnius.
Varsoviako batailanArmada Gorria menderatu ostean, hiria berriro itzuli zen Lituania gaztearen eskuetara. 1920ko uztailaren 20an Lituania eta Errusia boltxebikearen arteko bake akordioa izenpetu zen.Molotov-Ribbentrop itun sekretua sinatu ondorenArmada Gorriak ekialdeko Polonia inbaditu eta Vilnius hartu zuen 1939ko irailaren 19an. SobietarrekBielorrusiako Sobietar Errepublika Sozialistaren hiriburu izatea nahi zuten arren, erabaki zuten Vilniusek Lituaniaren hiriburu izan behar zuela, eta trukean, sobietar tropak herrialdean egon zitezkeela. Azken finean, erabaki horrek Lituaniako komunistengan begirunea sortzea zuen helburu.Lituaniak, ordea, akordioa baztertu eta sobietarrek mehatxu egin zuten. Ultimatuma aurkeztu zuten sobietarrek, esanez, Armada Gorriak edozein unetan inbadituko zuela herrialdea. Lituaniako gobernuak pixkanaka-pixkanaka eskaintza onartu besterik ez zuen egin.
1939ko urriaren 10ean Vilnius eta haren inguruak Lituaniaren parte izatera igaro ziren eta indar sobietarrak herrialdean zehar barreiatzen hasi ziren bitartean. Lituaniako agintariak Vilniusen sartu ziren, eta ondoren, gobernuaren egiturak Kaunas eta Vilniusera eraman ziren.
1941an alemaniarrek hiria konkistatu zuten. Alde Zaharreanjuduentzako bi ghetto eraiki ziren. Ghetto txikieneko biztanleak hil eta erbesteratu egin zituzten urriaren 1941ean. Bigarren ghettoak 1943ra arte iraun zuen, nahiz eta biztanleria murriztu zen. Azken honetako biztanleek iraultza saiakera bat egin zuten 1943ko irailaren 1ean baina honek ghettoko biztanleriaren behin betiko amaiera ekarri zuen. Inguruko juduen %95a hil zuten.
1944ko uztailean Armada Gorriak hiriburua konkistatu etaLituaniako Sobietar Errepublika Sozialista berregin zuen.Bigarren Mundu Gerraren ondoren, Lituania eta Bielorrusian zeuden jatorri poloniarreko pertsonak aberriratu zituzten. Honek eta juduen hilketak hiriko demografiaren erabateko aldaketa ekarri zuen. 1960. urteaz geroztik hasi zen biztanleria suspertzen, nekazarien immigrazioa zela bide. 1990ko martxoaren 11an, Lituaniaren independentzia aldarrikatu zuen Lituaniako Sobietar Errepublika Sozialistako sobiet gorenak. 1991ko abuztura arte, Sobietar Batasunak ez zuen independentzia aldarrikapena onartu. Une hartatik aurrera, Mendebaldeko Europara hurbildu da Vilnius.
Hiria bizkor aldatu da modernizazioari helduta. Eraikin asko berritu dituzte eta negozioa zein merkatua irekitzeak asko garatu dute hiria.Neris ibaiaren iparraldean negozio eta administrazioa gunea handitu da, eta hiriak Alde Berria txertatu du. Besteak beste,Europa dorrea dago bertan, 129 metroko garaiera duena.