ScottColoradokoBoulder hirian jaio zen arren, bere bizitzako lehen bi urteakNew Yorken pasa zituen. Bere gurasoak, Scott Carpenter eta Florence Noxon izenekoak, hara bizitzera joan baitziren aitak bertakoColumbiako Unibertsitatean doktoreondoko ikerketa egiteko postu bat lortu zuelako.1927ko udan, Scotten amatuberkulosiak jota zegoela, ama eta biekBoulderrera itzuli behar izan zuten. Boulderren, amaren aldeko aitona-amonek hazi zuten Scott Boulder1943. urteanBoulder High School-en graduatu zen arte.
Graduatu ondoren,V-12 Navy College Training Programen onartu zuten hegazkinlari kadete (V-12) bezala, nonBigarren Mundu Gerraren amaiera arte entrenatu zuen. Gerra entrenamendua amaitu eta itsas-armadak Scott-i itsasoz haraindiko kokaleku bat esleitu baino lehen amaitu zen. Ondorioz, itsas-armadak betebehar honetatik liberatu zuen.1945eko azaroan Boulderrera itzuli zenColoradoko Unibertsitateaningeniaritza aeronautikoa ikasteko. Bere ikasketen azken urtean, ez zenbero-transferentzia ikasgaiaren azken azterketara joan eta titulua lortzeko ikasgai bat gainditu beharrean geratu zen. Hala ere, Mercury hegaldiaren ondoren Coloradoko Unibertsitateak titulua eman zion astronauta bezala jasotako entrenamenduak bero-transferentzia ikasgaian egindako hutsa konpentzatzen zuela argudiatuz.
1959anMercury programarako hautatua izan ondoren, CarpenterJohn Glennen ordezko pilotu izendatu zuten. John GlennekAEBtako lehen misio orbitala burutu zuen1962ko otsaileanFriendship 7 misioan.NASAk bigarren misio orbitala burutu behar zuenDeke Slayton pilotua arrazoi medikuengatik baztertu zuenean, Scott Carpenter hautatu zuen hura ordezkatzeko. Ondorioz,1962komaiatzaren 24an espazio-ontzira igo eta hiru bira eman zizkion Lurrari ia bost orduz iraun zuenMercury-Atlas 7 misioan. BereAurora 7 espazio-ontziak 264 kilometroko gehieneko altuera eta 28.215 km/h-ko orbita-abiadura hartu zuen.
Bidaian zehar 5 esperimentutan egin zuen lan. Carpenterrek lagundu zuenJohn GlenekMercury-Atlas 6 misioan ikusi zituen "ipurtargien" (fireflies) misterioa argitzen. Egia esan, "ipurtargi" horiek espazio-ontziaren inguruan zeuden likidoen partikula izoztuak zirenez, Scottek "izotz-euliak" (frostflies) izena jarri zien. Bestalde, Scott Carpenter izan zenespazioan janari solidoa jan zuen lehen astronauta estatubatuarra.
Carpenter ez zen inoiz espaziora itzuliko.1963ko udazkenean itsas-armadarenSEALAB programan parte hartzeko astronauten taldea utzi zuen. Gainera, motozikletarekin izandako istripu batek besoko lesio larri bat utzi zion. Bere besoaren mugikortasuna berreskuratzeko egindako bi ebakuntzek (1964an eta 1967an) alferrekoak izan ondoren, ez zen gehiago hautagarri izango espazio hegaldietarako.1967ko abuztuanNASA utzi zuen. CarpenterrekNASAn igaro zituen azken urteak astronauten etorkizuneko espazio-ibilaldietarako urpeko entrenamenduak garatzen aritu zen.
1964ko uztailean,Bermudan, Carpenterrek istripu bat izan zuenNASAtik irten eta itsas-armadarenSEALAB proiektura zihoanean. Istripu horrek besoko lesio iraunkor bat utzi zion.1965an, SEALAB II proiekturako, 28 egun igaro zituen itsas hondoan bizitzen, Kaliforniako kostaldetik gertu. SEALAB II misioan zehar,eskorpioi arrain baten arantza pozoitsuek Carpenterri eskuineko hatz erakuslea zauritu zioten.1969an itsas-armada utzi etaSea Sciences, Inc. enpresa sortu zuen.