Zutkerque'is oliRooma ajal linnus nimega Promontorium. Esmakordselt 1084. aastal mainituna tuleb selle nimihollandi keelest ja tähendab "Lõunakirikut" (võrdluseks naabrusesNortkerque).
1396. aastal viibis linnusesBurgundia hertsogPhilippe Julge. Inglased okupeerisid selle 1405. aastal.Louis XI vallutas selle 1477. aastal ja kuningasHenry VII taasvallutas selle 1488. aastal. Lõpuks 1542. aastal vallutasid prantslased Vendôme'i hertsogiNavarra Antoine'i juhtimisel selle tagasi ja purustasid linnuse täielikult.
1595. aasta mais rüüstasid prantslased külakiriku. 7. augustil 1635 vallutasid Saint-Omerist pärit Hispaania väed linna. 1638. aastal taasvallutasid prantslased küla.