KuiSixtus V27. augustil1590 suri, sisenesid 54 kardinali7. septembrilVatikani paavstipalees alanudkonklaavile ja valisid kardinal Castagna 15. septembril paavstiks. Lisaks temale oli valimistel soosikuks ka kardinalMarco Antonio Colonna.
Konklaavil tekkis 3 fraktsiooni: Gregorius XIII kardinalid, Sixtus V kardinalid jaAscanio Colonna järgijad. Kaks viimast fraktsiooni toetasid Marco Antonio Colonna paavstiks saamist.
8. septembril saabus konklaavile kardinalLudovico Madruzzo, kes tõi kaasa Hispaania kuninga Felipe II koostatud nimekirjaprelaatidest, keda kuningas soovis uue kirikupeana näha. Nende seas olid peale Madruzzo veelTolomeo Gallio,Giovanni Antonio Facchinetti,Girolamo Simoncelli jaGabriele Paleotti.
Algul toetasid kardinalid Galliot, kuid kui kardinalMichele Bonelli keeldus teda pooldamast, sai uueks soosikuks kardinal Ippolito Aldobrandini (hilisem paavstClemens VIII), kes aga loobus, sest ta polnud vastuvõetav kandidaat Hispaaniale.
9. septembril saabus konklaavile kardinal Niccolò Sfondrati (hilisem paavstGregorius XIV). Samuti asusid konklaavi töös osalema kardinalid Paleotti jaFederico Cornaro, kes olid haiguse tõttu esimesest voorust eemale jäänud. Õhtul liitus nendega kardinalScipione Gonzaga.
10. septembril teatas kardinal Madruzzo, et Hispaania oleks rahul, kui paavstiks saaks kardinal Facchinetti. Tema vastu olid agaToscana hertsog ja kardinalAlessandro Damasceni Peretti, mistõttu Facchinetti kandidatuur ei läinud seekord läbi. Samuti oli hertsog vastu Simoncelli valimisele. Samal päeval liitus kardinalidegaIppolito de' Rossi.
13. septembril tahtsid mõned kardinalid pannatiaara Marco Antonio Colonna pähe, kuid nende katse ei läinud läbi ja seega olid Colonna edasised võimalused järgmiseks paavstiks saada pärsitud. Uueks sobivaks kandidaadiks sai Toscana hertsogi ja Hispaania toetusel Castagna, kes sai järgmisel päeval toimunud voorus 20 häält.
Urbanus VII andis 2000 tukatit kardinalNicolas de Pellevéle ja 1000 tukatit kardinalWilliam Allenile, kes olid kulutanud kogu oma raha konklaavile reisimiseks. Ta lasi koostada nimekirja puudust kannatavatest isikutest ning käskis Roomapagaritel teha suuremad pätsid ja müüa neid odavamalt. Ta keelas omakantsleritelesiidist rõivaste kandmise. Urbanus VII teatas ka, et ei määra ühtki oma sugulastkuuria ametnikuks. Urbanus VII pärandas kogu oma vara vaestele Rooma tüdrukutele.
Järgmisel päeval (teistel andmetel kolm päeva hiljem) pärast valimisi haigestus uus paavstmalaariasse. Ta suri enne paavstiks kroonimist 27. septembril veidi enne keskööd ja maetiVatikani basiilikasse.21. septembril1606 maeti tema säilmed ümber Rooma Santa Maria sopra Minerva kirikusse.
Urbanus VII valitses 12 päeva, mis on lühim valitsemisaeg ajaloos, sest preesterStephanuse valitsemisaega ei loeta ametlike valitsemisaegade hulka.
Francesco Bassano on temast teinudportree.