Sajandi keskel oli Morsekatoliikluse jaimmigratsiooni vastase liikumise juht.1836 kandideeris taNew Yorgi linnapeaks immigratsioonivastaseNativistliku Partei kandidaadina, aga kogus üksnes 1496 häält. Kui ta külastasRoomat, keeldus tapaavsti juuresolekul pead paljastamast, mispealeŠveitsi kaardiväelased tema juurde ruttasid ja tal mütsi peast maha lõid. Morse püüdis ühendadaprotestante katoliiklaste vastu, soovis keelata katoliiklastel riigiametnikena töötamise ja piirata sisserännet katoliiklikest maadest. Tema vend Sidney oli New Yorgi ajalehe Observer toimetaja ning tänu sellele sai Morse seal avaldada mitu kirja, kus ta kutsus inimesi üles võitlema ähvardava katoliiklusega. Neid artikleid avaldati korduvalt teisteski ajalehtedes. Muu hulgas uskus Morse, etAustria-Ungari valitsus ja katoliiklikud abiorganisatsioonid toetavad katoliiklaste immigratsiooni USA-sse, et saada see oma kontrolli alla.