Vaiksoo on projekteerinud arvukalt ehitisi mitmel pool Eestis, valdavalt siiski Tallinnas ja Rakveres. Tema projektide järgi on restaureeritud kirikuid ja mõisaid, ehitatud eramuid, büroohooneid ja etendusasutusi (mitu Rakvere teatri maja, Rakvere kino, Linnateatri Hobuveski saal, Kuressaare Linnateater jt). Vaiksoo on kujundanud ka Eesti esindushooneid, näiteks Riigikogu esindusruumid ToompealKomandandimajas (2008/2009) ja Eesti Esindus Euroopa Liidus Brüsselis (2003/2004).[1]
Kaugeim Vaiksoo projekti järgi ehitatud hoone onGjumri (tollal Leninakani) peaväljaku äärne kultuurikeskusArmeenias, mis sai kannatada maavärinas 8. detsembril1988. Ehkki projekt valmis juba 1989. aastal, lõppes hoonestu taastamine alles 1997.[5]
2008. aastal valiti Vaiksoo puiteramuLoobu lähedal Eesti parimaks puitehitiseks.[6] Tema hooned on korduvalt kandideerinud Eesti Kultuurkapitali arhitektuuripreemiale, Eesti parima eramu ja puitehitise auhinnale, mitmele sisekujundusauhinnale jne; tema Villa AigroKeila-Joal pälvis Eesti presidendi peapreemia "Eesti kodu 2010". Mitu Vaiksoo projekteeritud ehitist on osalenudVeneetsia biennaalil.[1]
2011. aastal avaldas Vaiksoo mahuka ja infograafikarohke ajalooatlase "Aja lugu". Raamat käsitleb Eesti ajalugu paralleelselt Euroopa ja maailma ajalooga kuni keskajani. Raamat lõpeb aastaga 1204.[7][8]
Rakvere kino 2009 – Vabriku tn 4, Rakvere, Lääne-Virumaa
Sepo Seemani stuudio 2009/2010 – Eametsa, Pärnumaa
Rakvere Teatri tööhoone 2009/2010 – Kreutzwaldi 2, Rakvere, Lääne-Virumaa (konkursi "Rakvere linna parim restaureeritud hoone 2010" nominent)
Riigikogu esindusruumid Toompeal 2008/2009 –Komandandimaja, Toompea 1, Tallinn (konkursi "Tallinna Vanalinna ühiskondliku hoone restaureerimine 2009" peapreemia, Eesti Kultuurkapitali restaureerimise aastapreemia 2010 nominent)
VillaRocca al Mares 2008/2010 – Loigu 3, Rocca al Mare, Tallinn (2010. aasta Veneetsia biennaalile välja valitud ja näitusel maketiga osalenud hoone, konkursi "Eesti parim puitehitis 2010" nominent ja Eesti Kultuurkapitali arhitektuuri aastapreemia 2010 nominent)
Rakvere Teatri väike maja 2007/2008 – Kreutzwaldi 2A, Rakvere, Lääne-Virumaa (Rakvere linna "Aasta Tegija 2008" arhitektuuripreemia)
Restoran Chameleon 2007/2008 – Kauba 2, Kuressaare, Saaremaa
Rakvere Rahvamaja 2006/2008 – Kreutzwaldi 2A, Rakvere, Lääne-Virumaa
Villa Marko Matvere 2006/2007 – Nurmenuku 7, Mähe, Tallinn (konkursi "Eesti parim puitehitis 2007" eripreemia, "Eesti parim eramu 2006–2007" nominent)
Mõisahoone rekonstrueerimine esinduselamuks 2005/2006 –Koordi mõis, Järvamaa
Rakvere Teater 2003/2005 – Kreutzwaldi 2, Rakvere ("Virumaa parim ehitis 2005" peapreemia, Rakvere "Aasta Tegija 2008" peapreemia. Eesti Kultuurkapitali arhitektuuripreemia 2006 nominent, ära märgitud)
Eesti Esindus Euroopa Liidus 2003/2004 –Brüssel, Rue Guimard 11/13
2010 –Eesti Kultuurkapitali arhitektuuri sihtkapitali aastapreemia (arhitektuuripreemia – Villa Rocca al Mares – harukordse konstruktsioonieheduse ning detailitäpsusega elamu, kus loodus ja arhitektuur on keerulisse, ent harmoonilisse suhtesse seatud)
2012 – Harjumaa aasta tegu (Artur Talvikule ja Raul Vaiksoole aktsiooni "Sajandi 100 võttepaika" läbiviimise eest)[10]
↑"Arhiivikoopia".Originaali arhiivikoopia seisuga 5. aprill 2015. Vaadatud 31. jaanuaril 2012.{{netiviide}}: CS1 hooldus: arhiivikoopia kasutusel pealkirjana (link)