Mikrobiootaks nimetatakse teatud piirkonna kõikidemikroorganismide kogumit.[1] Välja saab tuua näiteks keskkonnasmulla mikrobioota või erinevate taimede mikrobioota.[2]
Iga inimese keharaku kohta leidub inimeses 1,3 bakterirakku.[3] Inimkeha koloniseerivad mikroobid moodustavad igale anatoomilisele piirkonnale eraldi mikrobioota (näiteksseedetrakti mikrobioota võitupe mikrobioota), milles leidub sellele piirkonnale iseloomulikke mikroorganisme (baktereid,seeni javiiruseid). Inimese puhul on enim on uuritud seedetrakti naha, suu ja tupe mikrobiootasid.[4]
Paljudes teadusartiklites tehakse vahet "mikrobioomil" ja "mikrobiootal/mikroflooral", et kirjeldada esimesel juhul ühes keskkonnanišis elutsevate mikroorganismidegenoomide kogumikke ja teisel juhul mikroorganisme keskkonnas üksikult.[5][6][7] Algselt olid mikrobioomi ja mikrobioota/mikrofloora tähendused üsna sarnased, kuna oli vähem tehnilisi võimalusi eristada mikroorganisme uuritavates kooslustes.
Nahk on inimkeha suurimelund ja see kaitseb keha paljude väliskeskkonna tegurite eest.[8] Naha mikrobioota hulka kuuluvad mikroorganismide kooslused, mis asuvad inimesenahal.[9] See keeruline mikroorganismide kogum koosneb bakteritest, seentest, viirustest, mikroeukarüootidest (lestadest),arhedest jafaagidest. Inimese nahal on enim baktereid – umbes 1000 liiki baktereid üheksateistkümnestsugukonnast. Mikroorganismid tagavad naha korraliku toimimise.[8]
Nahapinnalt eraldatud mikroorganismide keskmine arv on vahemikus 103–104 pmü (pesa moodustavat ühikut)/cm2. Kõige niiskemates kohtades, nagu kubemes, kaenlaalustes ja ninasõõrmetes, ületab see väärtus aga 106 pmü/cm2.[8] Enamik (> 90%) inimese naha mikrobioomi bakteritest liigitatakse nelja tüüpi:aktinobakterid (52%),firmikuudid (24%),proteobakterid (16%) jabakteroidid (6%).[9] Nende hulgas onkoagulaasnegatiivsed stafülokokid, eritiStaphylococcus epidermidis, anaeroobneCutibacterium acnes (varem:Propionibacterium acnes),Corynebacterium,Micrococcus,Streptococcus jaAcinetobacter.[8]
Samuti moodustavad seened osa naha mikrobiootast. Domineeriv perekond onMalassezia. Suurimat seente mitmekesisust on täheldatud jalgadel, mida koloniseerivadAspergillus,Cryptococcus,Rhodotoula jaEpicoccum.[10]
Suuõõne mikrobioota moodustab inimese mikrobioomi olulise osa ja seal leidub mitu sada kuni mitu tuhat liiki. See on suuõõne normaalne osa ja sellel on oluline funktsioon kaitsta väliste bakterite koloniseerumise eest, mis võib mõjutada inimese tervist. Suuõõne mikrobiootal on ka teine pool, mis on seotud mitmesuguste haigustega. Levinumaid suuhaigusi (nagukaaries,igemepõletik japarodontiit) tekitavad mikroorganismid.[11] Viimasel ajal on üha rohkem tõendeid, et suuõõne mikrobioota on tihedalt seotud ka inimeste füüsilise seisundiga, nagudiabeet,rasvumine javähk.[12]
Eri riikide tervetel inimestel on sarnane suuõõne mikrobioota koostis.[13] Suus leidub arvukalt mikroorganisme, sealhulgas baktereid, seeni ja viirusi. Bakterid on suu mikrobioota peamised asustajad. Peamised bakteri perekonnad suus onFirmicutes,Bacillus,Proteobacteria jaActinomycetes.[14] Inimese suust võib leida 85 liiki seeni. Nendest seentest on kõige olulisem perekondCandida.[15] Normaalse suu mikrobioota korral onCandida neutraalne, kuid kui suuõõne mikrobioota tasakaal on rikutud, siis võibCandida muutudapatogeenseks ja tekitada terviseprobleeme.[16] Viirused, peamiselt faagid, on samuti osa suuõõne mikrobiootast.[17]
Soolestik on inimese mikrobioomi peamine asukoht.[18] Seedetrakti mikrobiootasse kuuluvad mikroorganismid, sealhulgas bakterid, arhed, seened ja viirused, mis elavad inimese seedetraktis.[19][20] Seedetraktis elavate mikroorganismide arv on hinnanguliselt üle 1014.[21][22] Soolestiku mikrobioota pakub organismile kaitset patogeenide eest, reguleerib peremeesorganismi immuunsust ning osaleb seedimisel.[23] Samuti on soolestiku mikrobioota ülioluline vitamiinide sünteesiks, mida peremeesorganism ei ole võimeline ise tootma.[24]Piimhappebakterid toodavasB12-vitamiini, mida ei suuda sünteesida ei loomad, taimed ega seened.[24]Bifidobakterid on peamisedfolaadi tootjad. Folaat on vitamiin, mis osaleb peremeesorganismi elutähtsates ainevahetusprotsessides, sealhulgasDNA sünteesis ja parandamises.[25] Lisaks sünteesivad soolestiku mikroobidK-vitamiini,riboflaviini,biotiini,nikotiinhapet,pantoteenhapet,püridoksiini jatiamiini.[26]
Enamik seedetraktis elavaid mikroobe kuulub perekondadesseBacteroides,Clostridium,Faecalibacterium,Eubacterium,Ruminococcus,Peptococcus,Peptostreptococcus jaBifidobacterium. Teisi perekondi, naguEscherichia jaLactobacillus, esineb vähemal määral.[27][28] Ainuüksi perekonnaBacteroides liigid moodustavad umbes 30% kõigist soolestikus leiduvatest bakteritest, mis viitab sellele, et see perekond on peremeesorganismi talitluses eriti oluline.[29] Seeneperekonnad, mis on tuvastatud soolestikus, onCandida,Saccharomyces,Aspergillus,Penicillium,Rhodotorula,Trametes,Pleospora,Sclerotinia,Bullera jaGalactomyces.[30]
Vaginaalsel mikrobiootal on suur tähtsus tupe tervise säilitamisel ja kaitsmisel haiguste eest.[31] Terve naise tupe mikrobioomi peamised kolonisaatorid kuuluvad perekondaLactobacillus (90–95%), millest levinumad onLactobacillus crispatus,Lactobacillus iners,Lactobacillus jensenii jaLactobacillus gasseri.[32] Vaginaalsed laktobatsillid pakuvad kaitset korduvate kuseteede infektsioonide,bakteriaalse vaginoosi ja tupekandidoosi eest.[33] On näidatud, et laktobatsillid pärsivad patogeensete mikroorganismide (näiteksBacteroides fragilis,Escherichia coli,Gardnerella vaginalis,Mobiluncus spp.,Neisseria gonorrhoeae,Peptostreptococcus anaerobius,Prevotella bivia jaStaphylococcus aureus) koloniseerimist tupes.[34]Lactobacillus'e liikide vähesus tupes võib põhjustadabakteriaalset vaginoosi, mis on seisund, mille puhul tupe laktobatsillid kaovad või nende hulk väheneb ja anaeroobsete bakterite hulk samaaegselt suureneb.[35] Terve tupe mikrobioota aitab ära hoida nii bakteriaalset vaginoosi,pärmseente infektsioone kui ka muid võimalikke tupe tervisega seotud probleeme (näiteksaeroobne vaginiit). Tupe normaalne pH on <4,5, mis on ebasoodne tavaliste patogeenide kasvuks.[31]
On leitud, et mikroobide kooslused tupes on dünaamilised ja võimelised kiiresti muutuma, kuigi paljudel naistel on vaginaalne mikrobioota üsna stabiilne.[35] Erinevused tupe mikrobioota koostises on põhjustatud naise omaduste, keskkonna ja käitumise keerulisest koostoimest, mida ei mõisteta täielikult. Siiski on näidatud, et mitmed muudetavad ja mittemodifitseeritavad tegurid mõjutavad tupe mikrobioomi. Tupe mikrobioomi võivad mõjutada suitsetamine, toitumine, seksuaalpartnerid, stress, rass, hügieen ja geneetika.[31]
{{ajakirjaviide}}: CS1 hooldus: PMC vormistus (link){{ajakirjaviide}}: CS1 hooldus: PMC vormistus (link){{ajakirjaviide}}: CS1 hooldus: PMC vormistus (link){{ajakirjaviide}}: CS1 hooldus: PMC vormistus (link){{ajakirjaviide}}: CS1 hooldus: PMC vormistus (link){{ajakirjaviide}}: CS1 hooldus: PMC vormistus (link){{ajakirjaviide}}: CS1 hooldus: PMC vormistus (link){{ajakirjaviide}}: CS1 hooldus: PMC vormistus (link){{ajakirjaviide}}: CS1 hooldus: PMC vormistus (link){{ajakirjaviide}}: CS1 hooldus: PMC vormistus (link){{ajakirjaviide}}: CS1 hooldus: PMC vormistus (link){{ajakirjaviide}}: CS1 hooldus: PMC vormistus (link){{ajakirjaviide}}: CS1 hooldus: PMC vormistus (link){{ajakirjaviide}}: CS1 hooldus: PMC vormistus (link)