Farfán alustas klubikarjääri Peruu klubisAlianza Lima, kellega ta sõlmis lepingu 2001. 2002. aastal sai ta meeskonna üheks olulisemaks mängijaks ning aitas klubil tulla aastatel 2003 ja 2004 Peruu meistriks.
2004. aasta juunis suundus ta 3,5 miljoni euro eest Hollandi klubissePSV Eindhoven, kellega sõlmis lepingu 2010. aastaks. Klubidebüüdi tegi ta 14. augustil 2014 liigamängusRoosendaaliga. Esimese värava lõi ta klubi emeskonnas 6. liigamängusHeerenveeniga. Ta lõi klubi meeskonnasHollandi liigas mitu olulist väravat ja jõudis klubiga Meistrite Liigahooajal 2004–2005 poolfinaali. Esimese värava lõi ta Meistrite Liigas 2:1 võidumängus Norra klubiTrondheimi Rosenborg üle. Aastatel 2005–2008 tuli PSV-ga neljal hooajal järjest Hollandi meistriks ja 2005Hollandi karika võitjaks.
2008. aasta juunis suundus ta 10 miljoni euro eest Saksamaa klubisseSchalke 04. See oli kõige kallim üleminek klubi ajaloos. Ta sõlmis klubiga lepingu neljaks aastaks.[1] Klubidebüüdi tegi ta 13. septembril 2008 mängusDortmundi Borussiaga, kus ta lõipenaltist värava.
Hooajal 2011–2012 tegi ta 23. oktoobril 2011 mängusBayer Leverkuseniga klubi meeskonnas oma sajanda mängu, kus ta lõi ka otsustava 1:0 võiduvärava. 2012. aprillis pikendas Farfán klubiga lepingut 2016. aastani.
2015. aasta aprillis liitus taAraabia Ühendemiraatide klubigaAl Jazira.
2017. aasta jaanuaris sõlmis ta lepingu Venemaa klubigaMoskva Lokomotiv. Hooajal2017–18 tuli ta klubiga Venemaa meistriks.
Aastatel 2021–2022 mängis Farfan kodumaa klubiLima Alianza eest, pärast seda lõpetas ta mängijakarjääri.