Kuna tema eelkäijad olid juba mitu põlvkonda abiellunud lähisugulastega, siis oli ta degenereerunud ning võimetu riiki valitsema. Poolteist sajandit ja 5–7 põlvkonda varem elanudJuana Nõdrameelsest põlvnes ta koguni 14 teed pidi.Habsburgide dünastias oli tavaline mitte üksnes nõbude omavaheline abiellumine, vaid Carlose lähedaste esivanemate seas oli koguni 3 juhtumit, kus onu oli abiellunud oma õetütrega, sealhulgas tema isa Felipe IV oli emaAustria Mariana onu. Tema isal Felipel oli kolme naisega 13 last, kellest täiskasvanuks sai 4, lapsi sai kaks (mõlemad välismaale abiellunud tütred) ja neistki ühe sugu suri ülejärgmises põlves välja. Carlos II oli kaimpotentne ja nii lõppes Habsburgide Hispaania liin temaga.
Üks väheseid Carlose iseseisvaid otsuseid oli Suure Nõukogu (Junta Magna) kokkukutsumine, mis uuriks Hispaaniainkvisitsiooni. Nõukogu aruanne inkvisitsiooni tegudest oli hävitav ja suurinkvisiitor kutsus kuningat üles seda tulle heitma. Kui Carlose järglane troonilFelipe V samuti õudse aruandega tutvuda tahtis, ei suudetud sellest enam ühtegi koopiat leida.
Surres määras Carlostroonipärijaks oma poolõe Maria Theresa jaLouis XIV pojapojaPhilippe'i, kuid nõudis omatestamendis kuninga alalist resideerimistMadridis, mis pidi välistama Prantsuse ja Hispaania kroonide ühendamise. Juhuks kui Philippe pidanuks troonist loobuma või surema, määras Carlos pärijaks tema noorema venna Charlesi, kolmandana aga HabsburgideAustria liini esindaja, oma õemehe keiserLeopold I pojaKarli.Inglismaa ja Austria kartsid Philippe'i võimuletuleku korral Prantsusmaa mõju ülemäärast kasvu ning sellepärast puhkes pärast Carlos II surmaHispaania pärilussõda. Felipega pääses Hispaaniat valitsemaBourbonide dünastia, mis valitseb tänapäevani, ja kaJuan Carlos I on Felipe V järeltulija.
